核心结论：办理施工许可证后建设资金被抽走，属于严重违约及可能涉嫌违法的行为，建设单位可通过协商、行政投诉、民事诉讼或刑事报案等途径维护权益。以下从法律角度分情况说明具体处理方式：

1. 优先协商与书面催告

• 法律依据：根据《民法典》第577条，当事人一方不履行合同义务，应承担继续履行、赔偿损失等违约责任。
• 操作建议：
  • 立即向资金抽走方（如开发商、投资方）发出书面催告函，要求其限期返还资金或提供等值担保；
  • 保留催告函的送达证据（如EMS邮寄回执、电子邮件截图），为后续法律程序做准备。

2. 向行政主管部门投诉

• 适用情形：若资金抽走导致工程停工，可能违反《建筑工程施工许可管理办法》中“保证工程质量和安全的具体措施”要求。
• 操作建议：
  • 向当地住建部门提交书面投诉材料，说明资金被抽走与工程停工的因果关系；
  • 要求行政部门介入调查，责令资金方恢复资金投入或采取补救措施。

3. 提起民事诉讼主张权利

• 诉讼方向：
  • 违约之诉：若资金抽走方为合同相对方（如总包单位与分包单位间的资金纠纷），可依据合同约定主张违约责任；
  • 侵权之诉：若资金抽走行为导致第三方损失（如农民工工资拖欠），可主张侵权赔偿。
• 关键证据：
  • 施工许可证、资金往来凭证、催告函及送达证明；
  • 工程停工损失清单（如设备租赁费、人员窝工费等）。

4. 刑事报案（如涉嫌犯罪）

• 可能罪名：
  • 合同诈骗罪：若资金抽走方以非法占有为目的，通过虚构事实骗取施工许可后抽逃资金；
  • 挪用资金罪：若资金属于专项建设资金，被个人或单位挪作他用。
• 操作建议：
  • 向公安机关经侦部门报案，提交资金流向审计报告、合同文本等证据；
  • 配合警方调查，推动刑事立案以追回资金。

5. 申请财产保全防止损失扩大

• 法律依据：根据《民事诉讼法》第103条，可能因当事人行为使判决难以执行时，法院可裁定保全财产。
• 操作建议：
  • 在起诉前或诉讼中向法院申请冻结资金抽走方的银行账户、房产等资产；
  • 提供等值担保（如保险公司保函）以提高保全成功率。

风险提示：若工程已停工，需同步向劳动监察部门备案农民工工资支付情况，避免因欠薪引发群体性事件。建议根据资金抽走方的主体性质（如是否为国有企业）、资金规模及抽逃方式等细节，进一步制定针对性策略。如有具体证据材料，可直接向我提供以便深入分析。