施工许可证被暂扣后，在建工程应立即停工，并需根据具体情况采取相应措施，包括整改、重新申请许可证或面临处罚等。以下是具体分析：

1. 立即停工并配合调查：

   • 根据《中华人民共和国建筑法》及相关规定，施工许可证是建筑施工的法定凭证，未取得施工许可证或者施工许可证被暂扣期间擅自施工的，属于违法行为。
   • 因此，一旦施工许可证被暂扣，施工单位应立即停止所有施工活动，并配合相关部门的调查工作，等待处理结果。

2. 整改与重新申请许可证：

   • 如果施工许可证被暂扣是因为存在违规行为或安全隐患等问题，施工单位需要积极进行整改，消除违规因素或安全隐患。
   • 整改完成后，施工单位需要按照规定的程序重新申请施工许可证，获得许可后方可继续施工。

3. 面临处罚与责任承担：

   • 如果施工单位在施工许可证被暂扣期间擅自施工，将面临行政处罚，包括罚款、责令停工、降低资质等级等。
   • 如果因擅自施工导致安全事故或其他严重后果，施工单位及其相关责任人员还可能承担刑事责任。

4. 与相关部门沟通协商：

   • 在处理施工许可证被暂扣的问题时，施工单位应积极与相关部门进行沟通协商，了解暂扣的具体原因和整改要求。
   • 通过积极沟通，施工单位可以更好地理解相关法律法规和政策要求，从而更有效地进行整改和重新申请许可证。

5. 关注工程进度与合同履行：

   • 施工许可证被暂扣可能导致工程进度延误，施工单位需要关注与业主、供应商等合同方的沟通和协调，及时告知工程进度变化情况。
   • 根据合同约定和相关法律法规，施工单位可能需要承担因工程进度延误而产生的违约责任或损失赔偿责任。因此，施工单位需要妥善处理合同履行问题，避免进一步的经济损失和法律风险。

建议：施工单位应严格遵守相关法律法规和政策要求，确保施工活动的合法性和安全性。如果遇到施工许可证被暂扣等问题，应及时咨询并寻求专业法律帮助，以便更好地应对和解决相关问题。