结论：您有权要求朋友返还房产证并注销以其房产注册的公司，若朋友不配合，您可通过协商、行政投诉或诉讼等途径解决。以下为具体分析：
一、明确房产证被用于注册公司的法律性质
房产证作为您的重要财产凭证，其所有权归您所有。朋友未经您同意，擅自使用您的房产证注册公司，这一行为涉嫌侵犯您的财产权。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，任何组织或者个人不得侵占、哄抢、私分、破坏或者非法查封、扣押、冻结、没收、处分他人的财产。因此，您有权要求朋友停止侵权行为，并返还房产证。
二、收回房产证及注销公司的具体步骤
与朋友协商：
- 首先，您可以尝试与朋友进行友好协商，明确表达您的意愿和诉求，要求其立即返还房产证，并配合办理公司注销手续。
- 在协商过程中，您可以保留好相关证据，如聊天记录、通话录音等，以备不时之需。
向工商行政管理部门投诉：
- 如果协商无果，您可以向当地工商行政管理部门投诉，说明朋友未经您同意使用您的房产证注册公司的情况。
- 工商行政管理部门在查实情况后，有权责令朋友改正违法行为，并可能对其进行行政处罚。
提起民事诉讼：
- 若朋友仍不配合，您可以向人民法院提起民事诉讼，要求朋友返还房产证，并赔偿因侵权行为给您造成的损失。
- 在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明朋友未经您同意使用您的房产证注册公司，以及这一行为给您造成的实际损失。
三、注意事项
- 保留证据：在整个过程中，您务必保留好所有与朋友沟通、协商的记录，以及房产证被使用的相关证据，如公司注册资料、工商登记信息等。
- 及时行动：一旦发现房产证被朋友用于注册公司，您应尽快采取行动，避免损失扩大。
- 咨询专业意见：在处理此类问题时，您可能遇到复杂的法律问题，如有需要，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。