核心结论：认定车辆实际持有人需综合多方面因素判断，仅签车辆合作协议书不一定能直接认定。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从协议内容角度
   • 若内部转让协议和合作协议书内容完备明确：内部转让协议中如果详细约定了车辆的所有权转移、使用、收益、处分等权利义务，明确表明车辆所有权已从原挂靠方转移至受让方，且合作协议书也进一步确认了受让方对车辆的实际控制、运营和收益等权利，那么在这种情况下，结合两份协议的内容，可以较为有力地认定车辆的实际持有人为受让方。例如，协议中明确约定车辆过户的时间、方式，以及在过户前受让方已实际支付了车辆转让款，并且开始以自己的名义进行车辆运营、承担运营成本和获取运营收益等。
   • 若协议内容存在模糊或歧义：如果内部转让协议和合作协议书对车辆所有权归属、实际控制权等关键问题约定不明确，存在多种解释的可能，那么仅依据这两份协议就难以准确认定车辆的实际持有人。比如，协议中只是笼统地说车辆进行“合作使用”，但没有明确是共同所有还是一方所有，也没有对车辆的使用方式、收益分配等关键问题进行详细约定，此时就需要结合其他证据来综合判断。
2. 从实际履行情况角度
   • 车辆的实际使用和运营情况：如果车辆一直由某一方实际使用、运营，承担车辆的维修、保养、保险等费用，并且以自己的名义对外签订运输合同、收取运费等，那么该方更有可能被认定为车辆的实际持有人。例如，车辆长期由受让方安排驾驶员驾驶，运输业务也是由受让方联系和承接，运费直接支付给受让方，这种情况下即使协议约定不明确，从实际履行情况也可以倾向于认定受让方为实际持有人。
   • 车辆相关证件和资料的保管情况：车辆行驶证、登记证书、购车发票等重要证件和资料的保管方也可以作为认定实际持有人的一个参考因素。一般来说，实际持有人会更注重对这些证件和资料的保管，因为这些证件与车辆的所有权和使用权密切相关。如果这些证件和资料由受让方保管，且没有其他相反证据证明其保管不合法或不合理，那么在一定程度上可以支持受让方为实际持有人的认定。
3. 从资金往来角度
   • 车辆转让款的支付情况：如果内部转让协议约定了车辆转让款的支付方式和时间，受让方按照约定支付了转让款，且有相关的支付凭证，如银行转账记录、收据等，这可以作为认定车辆所有权已转移给受让方的一个重要证据，从而支持受让方为实际持有人的认定。相反，如果受让方没有支付转让款，或者支付情况与协议约定不符，那么可能会对实际持有人的认定产生影响。
   • 车辆运营资金的投入情况：在车辆运营过程中，如果受让方投入了大量的资金用于车辆的运营，如购买燃油、支付过路费、缴纳罚款等，并且这些资金的投入与车辆的运营收益直接相关，那么也可以从侧面证明受让方对车辆具有实际的控制权和收益权，进而认定其为实际持有人。

建议：在实际操作中，为了更准确地认定车辆实际持有人，除了上述协议内容和实际履行情况等方面的证据外，还可以收集其他相关证据，如证人证言、车辆运营记录等。如果涉及纠纷，建议及时咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益。如果你还有其他关于车辆挂靠、转让等方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。