劳动合同即使少一份补充协议，只要原劳动合同本身合法有效，且补充协议的内容（若存在书面文本）也符合法律规定，那么补充协议部分仍然具有法律效力。以下从多个角度为您详细分析：
一、劳动合同与补充协议的法律效力基础
原劳动合同的法律效力：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。这意味着，只要原劳动合同是双方自愿、平等、协商一致的基础上签订的，且内容合法合规，那么它就具有法律效力。
补充协议的法律效力：
- 补充协议作为对原劳动合同的补充或变更，其法律效力同样受到法律保护。根据《中华人民共和国民法典》和《中华人民共和国劳动合同法》的规定，一个有效的民事法律行为（包括合同）需满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实以及不违反法律、行政法规的强制性规定和公序良俗。只要补充协议满足这些条件，它就具有法律效力。
二、补充协议缺失一份的法律后果
不影响原劳动合同的效力：
- 即使补充协议缺失一份，只要原劳动合同本身合法有效，那么原劳动合同的条款仍然对双方具有约束力。双方应继续按照原劳动合同的约定履行各自的义务。
补充协议内容的效力：
- 如果补充协议的内容已经以某种形式（如电子邮件、短信、口头协议等，但需注意口头协议在劳动纠纷中举证困难）得到双方的确认，并且内容合法合规，那么即使缺少一份书面补充协议，该部分内容仍然可能被视为有效。然而，为了降低法律风险，建议双方尽量采用书面形式签订补充协议，并各自保留一份。
举证责任与风险：
- 在劳动纠纷中，如果一方主张补充协议的内容但无法提供书面证据，那么该方可能面临举证不能的风险。因此，为了维护自己的合法权益，双方应尽可能保留好书面补充协议作为证据。
三、实际操作建议
签订书面补充协议：
- 为了避免不必要的法律纠纷，建议用人单位与劳动者在协商一致的基础上签订书面补充协议，并明确双方的权利和义务。补充协议应包含与原劳动合同相关的补充或变更条款，并由双方签字或盖章确认。
保留好书面证据：
- 双方应各自保留好书面补充协议作为未来可能发生的争议的证据。如果条件允许，可以将补充协议扫描或拍照存储在电子设备中，以备不时之需。
及时咨询专业律师：
- 如果在签订或履行补充协议过程中遇到任何问题或纠纷，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。律师可以根据具体情况为您提供专业的法律意见和解决方案。
举例说明：假设用人单位与劳动者在原劳动合同中约定了工资待遇，但后来因业务调整需要变更工资待遇。双方协商一致后签订了书面补充协议，明确新的工资待遇及支付方式。然而，在履行过程中，一方主张补充协议的内容但无法提供书面证据。在这种情况下，如果另一方否认补充协议的内容，那么主张方可能面临举证不能的风险。因此，签订并保留好书面补充协议对于维护双方合法权益至关重要。