针对企业职工自动辞职的情况，企业应当采取以下合法且合理的处理方式：

首先，企业需要明确的是，员工自动辞职并不意味着劳动合同立即自动解除。根据相关法律法规，劳动合同的解除需要遵循一定的程序和规定。因此，企业不应直接认定劳动合同因员工自动辞职而自动解除，而应履行相应的解除程序。这通常包括与员工进行沟通，确认其辞职意愿，并办理离职手续，如工作交接、薪资结算等。

在处理过程中，企业可以依据本企业的规章制度，对员工自动离职的行为进行行政处分。例如，如果员工未按规定提前通知企业而擅自离职，企业可以按旷工处理，并根据旷工的天数和严重程度，给予相应的纪律处分。但需要注意的是，这种处分应当符合企业规章制度的规定，且不得违反法律法规的强制性规定。

如果员工自动离职的行为严重违反了企业的规章制度，企业有权根据相关内部规章制度行使单方解除劳动合同的权利。这通常要求企业规章制度中明确规定了员工自动离职属于严重违反规章制度的行为，并且该规章制度已经经过民主程序制定并公示给员工。

此外，如果员工自动离职被认定属于劳动者违法解除劳动合同，并且给用人单位造成了损失，企业有权要求其承担赔偿责任。这种赔偿责任通常包括企业因员工离职而产生的直接经济损失，如招聘费用、培训费用等，以及因员工离职而导致的业务中断、客户流失等间接经济损失。但需要注意的是，企业要求员工承担赔偿责任时，需要提供充分的证据证明损失的存在以及损失与员工离职之间的因果关系。

最后，对于违反保密义务、竞业限制以及签订专项培训协议约定服务期规定的离职人员，企业还享受违约金求偿权。这意味着，如果员工在离职后违反了保密义务、竞业限制或未履行服务期约定，企业有权要求员工支付相应的违约金。但同样需要注意的是，违约金的约定必须符合法律法规的规定，且不得过高或过低，应当合理反映企业因员工违约而可能遭受的损失。

综上所述，企业在处理职工自动辞职的情况时，应当遵循法律法规的规定，履行相应的解除程序，并根据具体情况采取合理的处理措施。同时，企业也应当加强内部管理，完善规章制度，以减少员工自动辞职等类似情况的发生。