结论前置：公司非法解除劳动关系，保密协议的效力需根据具体情况判断，关键在于保密内容与公司违法行为的关联性以及协议本身的合法性。
保密协议可能有效的情况
保密内容与公司违法行为无关：
- 若保密协议涉及的商业秘密或机密信息与公司的违法经营行为无关，且该信息本身具有合法的商业价值和保密性要求，保密协议可能仍然有效。例如，公司税务违法，但要求员工对其自主研发的技术保密，该保密协议在技术保密方面仍然有效。
协议本身合法合规：
- 保密协议需由双方自主、自愿签署，无压迫、欺骗等行为。协议内容不可违反法律法规的强制性规定，且保密内容需具备合理性与合法性。若协议满足这些条件，即使公司非法解除劳动关系，保密协议在保密内容合法且未受公司违法行为影响的情况下，仍然有效。
员工已接受保密义务并获取相应补偿：
- 若保密协议中明确约定了保密期限、保密内容以及员工因履行保密义务而应获得的补偿，且员工已实际接受了这些保密义务并获取了相应补偿，那么保密协议在补偿期限内对员工具有约束力。
保密协议可能无效的情况
保密内容与公司违法行为紧密相关：
- 若公司的违法经营行为使得保密协议所基于的商业秘密或机密信息失去合法性基础，或保密协议旨在掩盖公司违法行为，则该保密协议无效。例如，公司要求员工对非法制毒活动保密，该协议无效。
协议存在违法条款：
- 若保密协议中存在违反法律法规强制性规定的条款，如免除用人单位法定责任、排除劳动者权利等，这些条款将被认定为无效。若这些无效条款是保密协议的核心内容，则整个保密协议可能被认定为无效。
公司非法解除劳动关系导致协议目的无法实现：
- 若公司非法解除劳动关系，且该行为导致保密协议的目的无法实现（如员工因被非法解雇而无法继续履行保密义务），员工可能主张保密协议无效或部分无效。
法律建议
审查保密协议内容：
- 员工在签署保密协议前，应仔细审查协议内容，确保协议合法合规，且保密内容与公司违法行为无关。若发现协议存在违法条款或与公司违法行为紧密相关，应拒绝签署或要求修改。
保留证据：
- 若公司非法解除劳动关系，员工应保留相关证据（如解除劳动合同通知书、工资单、保密协议等），以便在后续争议中证明自己的权益。
寻求法律援助：
- 若员工认为公司非法解除劳动关系且保密协议无效或部分无效，可寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设某公司因环保违规被处罚，同时非法解除了与员工的劳动关系。在解除前，公司与员工签署了保密协议，要求员工对公司的一项新技术保密。由于该新技术与公司的环保违规行为无关，且保密协议内容合法合规，员工已接受保密义务并获取了相应补偿。在此情况下，即使公司非法解除了劳动关系，保密协议在新技术保密方面仍然有效。
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