合同无效时，其中约定的管辖条款在大多数情况下是有效的，但其具体效力还需根据法律的具体规定和实际情况进行综合判断。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据与原则

根据《中华人民共和国民法典》第五百零七条明确规定：“合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。”这一法条为管辖条款在合同无效情况下的有效性提供了明确的法律依据。该条款表明，管辖条款作为解决争议的方法之一，具有相对独立性，即便合同整体无效，也不影响其效力。这一规定的目的在于预先确定纠纷解决的法院，确保争议能够有序、高效地解决。

二、管辖条款的独立性与功能

管辖条款通常被视为合同中具有独立性的条款，它不受合同其他部分效力的影响。即使合同因各种原因被认定无效，当事人关于通过何种途径、由哪个法院解决纠纷的合意仍然应当受到尊重和保护。这是因为管辖条款的核心功能是解决争议，而非履行合同的主要义务，因此其效力往往独立于合同的其他内容。

三、特殊情况的考量

尽管管辖条款在大多数情况下保持有效，但也存在特殊情况可能导致其无效。例如：

1. 违反法律强制性规定：如果管辖条款的约定违反了法律关于专属管辖、级别管辖等强制性规定，那么该管辖条款将被视为无效。
2. 意思表示不真实：如果管辖条款的订立存在欺诈、胁迫等导致意思表示不真实的情况，该管辖条款也将被视为无效。
3. 与合同其他条款紧密相连：如果管辖条款与合同的其他条款紧密相连，构成合同的不可分割部分，且合同因其他原因无效，那么管辖条款也可能随之无效。

在这些特殊情况下，法院将依据相关法律规定对管辖条款的效力进行具体判断。

四、实践中的处理与建议

在司法实践中，法院会综合考虑管辖条款的独立性、与合同其他条款的关系、当事人的意思表示以及法律的特别规定等因素来判断其效力。如果一方当事人已经依据无效合同中的管辖约定向特定法院提起诉讼，且另一方当事人在提交答辩状期间未提出管辖权异议，法院可能会继续审理该案件。但这并不意味着该管辖约定本身是绝对有效的，而是在特定情境下的一种司法处理方式。

建议：为避免后续争议，当事人在签订合同时应明确约定管辖条款，并确保其符合法律规定。同时，对于可能存在的特殊情况，也应提前进行预判和规避，以确保管辖条款的有效性和可执行性。如果合同无效后发生争议，且对管辖条款的效力存在疑问，建议直接向我咨询，以便获取更准确的法律意见。

综上所述，合同无效时约定的管辖条款通常是有效的，但具体效力需根据法律规定和实际情况进行综合判断。当事人在签订合同时应谨慎约定管辖条款，并在发生争议时及时寻求法律帮助。