在涉及两个被告人、两起事实的不公开案件中，开庭质证时是否分开进行，需根据具体情形判断，通常有以下两种处理方式：

1. 若两起事实关联性较弱或存在独立证据体系，法庭可能选择分开质证
   例如：两起事实分别涉及不同罪名（如一起诈骗、一起盗窃），或两被告人参与程度差异显著（如一人主犯、一人从犯），法庭可能为避免证据混淆、保障被告人质证权，对两起事实的证据分别出示、分别辩论。此时需注意：

   • 需满足《刑事诉讼法》第190条“证据应当当庭出示”的要求，即使分开质证，也需确保两被告人对全部证据的知情权；
     
   • 若分开质证可能导致事实认定碎片化，法庭可能要求控辩双方在最后陈述阶段对全案证据进行综合质证。

2. 若两起事实存在紧密关联或证据交叉，法庭可能合并质证
   例如：两起事实均涉及同一犯罪团伙、同一作案手法（如连续实施的系列诈骗），或两被告人的行为相互印证（如共同预谋、分工协作），此时合并质证更利于查明事实。但需注意：

   • 合并质证不意味着“一锅煮”，法庭仍需引导控辩双方对每起事实的证据单独发表意见，避免“牵连认定”；
     
   • 若两被告人对证据的关联性提出异议（如认为某证据仅能证明一起事实，与另一起无关），法庭需根据《刑事诉讼法》第52条“审判人员、检察人员、侦查人员必须依照法定程序……收集能够证实犯罪嫌疑人、被告人有罪或者无罪、犯罪情节轻重的各种证据”的要求，对证据的关联性进行审查并作出说明。

实务建议：

• 作为被告人或辩护人，若认为分开质证更利于维护权益（如避免证据混淆、突出无罪或罪轻证据），可在庭前会议或开庭时向法庭提出申请，并说明理由；
  
• 若法庭决定合并质证，可要求法庭在质证环节对每起事实的证据进行分组出示，并在辩论阶段分别发表意见，确保质证权不因合并处理而受损。
  

如有具体案件细节（如罪名、证据类型等），可进一步向我说明，我会结合实务经验为您分析。