针对“店里东西被员工掉包怎么赔偿”这一问题，核心结论是赔偿方式需根据具体证据、员工行为性质及造成的实际损失来确定，可能涉及民事赔偿、刑事追责或内部纪律处分。以下分情况详细说明：

1. 民事赔偿角度
   若员工掉包行为仅涉及侵占或盗窃店内财物（如将高价商品替换为低价品后私藏差价），根据《民法典》第1165条，员工需承担侵权赔偿责任，赔偿范围为实际损失（即被掉包商品的价值差额或直接经济损失）。

   • 证据要求：需证明员工实施了掉包行为（如监控录像、证人证言、商品异常记录等）及损失金额（如进货凭证、销售记录、鉴定报告等）。
     
   • 赔偿方式：可与员工协商赔偿，或通过劳动仲裁、民事诉讼要求其返还财物或赔偿损失。若员工拒不赔偿，可申请法院强制执行其财产。

2. 刑事追责角度
   若掉包行为涉嫌犯罪（如盗窃、职务侵占），需根据金额和情节判断是否构成刑事责任：

   • 盗窃罪：若员工以非法占有为目的，秘密窃取店内财物（如私自调换商品后带走），数额较大（通常为1000元至3000元以上，具体标准因地而异）的，可能构成《刑法》第264条的盗窃罪，处3年以下有期徒刑、拘役或管制。
     
   • 职务侵占罪：若员工利用职务便利（如负责商品管理、销售等），将店内财物非法占为己有（如通过调换商品侵吞差价），数额较大（通常为6万元以上）的，可能构成《刑法》第271条的职务侵占罪，处3年以下有期徒刑或拘役。
     
   • 刑事附带民事赔偿：若员工被追究刑事责任，店家可同时提起刑事附带民事诉讼，要求其赔偿经济损失。

3. 内部纪律处分角度
   若员工行为未达到刑事或民事赔偿标准，但违反了公司规章制度（如员工手册中明确禁止侵占、调换财物等行为），店家可依据内部规定对其解除劳动合同、扣发奖金或进行其他纪律处分。

   • 程序要求：需确保规章制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）并已向员工公示，否则处分可能被认定为违法。

建议行动步骤：

1. 立即固定证据（如封存被掉包商品、调取监控、记录异常销售数据等）；
   
2. 与员工沟通，要求其说明情况并协商赔偿；
   
3. 若协商无果，根据损失金额和证据情况，选择向公安机关报案（涉嫌犯罪时）或直接提起民事诉讼；
   
4. 同时检查内部管理漏洞（如商品盘点制度、员工权限设置等），避免类似事件再次发生。
   

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