被告缺席开庭最终判决后，仍然可以申诉。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据与申诉权利
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，如认为有错误，均有权提出申诉（即申请再审）。这一规定为被告在缺席开庭后对判决不服时提供了法律救济途径。
二、申诉的具体情形与条件
民事诉讼中的申诉：
- 适用情形：被告认为缺席判决存在错误，如事实认定不清、证据不足、适用法律不当、审判组织不合法、未经传票传唤而缺席判决等情形，均可提出申诉。
- 时间限制：通常应在判决、裁定发生法律效力后六个月内提出再审申请。
- 材料准备：需提交再审申请书等材料，详细阐述申诉理由和请求，并提供相关证据支持。
刑事诉讼中的申诉：
- 适用情形：被告人若认为缺席判决存在错误，如证据不足、违反法定程序等，亦可进行申诉。
- 申诉途径：可向人民法院或人民检察院提出，后者如认为判决确有错误，有权按审判监督程序提出抗诉。
三、申诉的程序与结果
程序流程：
- 提交申请：被告向有管辖权的人民法院提交再审申请书及相应证据材料。
- 法院审查：法院对申诉材料进行审查，评估是否符合再审条件。
- 决定再审：如符合再审条件，法院将启动再审程序；如不符合，将驳回申诉。
申诉结果：
- 再审程序中，法院将重新审理案件，并根据审理结果作出维持原判、改判或撤销原判等裁决。
- 申诉并不必然导致原判决的撤销或更改，需依据案件实际情况和法律规定作出判断。
四、申诉的意义与注意事项
申诉的意义：
- 申诉是被告维护自身合法权益的重要途径之一。通过申诉，被告可以对不公正的判决提出异议，并寻求法律救济。
注意事项：
- 及时行动：注意把握申诉的法定期限，避免错过维权机会。
- 材料准备：精心准备申诉材料，确保事实清楚、证据充分、理由充足。
- 专业支持：在申诉过程中，如有需要，可寻求专业律师的帮助，以提高申诉成功率。
五、特殊情况下的申诉处理
- 在某些特殊情况下，如被告因严重疾病无法出庭、逃脱抓捕等原因导致缺席审判的，人民法院在判决前会确保被告的诉讼权利得到充分保障。例如，通过公告送达传票和起诉书副本等方式通知被告，并为其指定辩护人。
- 如果被告在判决生效后归案，并对原判决提出异议的，可以依法提出申诉。此时，人民法院会根据具体情况决定是否启动再审程序。
综上所述，被告在缺席开庭最终判决后，仍然有权在法定期限内按照法定程序向上一级人民法院或原审人民法院提出再审申请，以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。