针对第二中标候选人质疑主观分打分太低的情况，代理公司可以这样回复，回复时应保持客观、公正、透明的态度，并依据招标文件和相关法律法规进行解释说明：

1. 重申评标原则与程序：

   • 代理公司应首先明确告知质疑方，本次评标活动严格遵循了招标文件中规定的评标原则和程序，所有评标工作均在公平、公正、公开的环境下进行。
   • 强调主观分的打分是基于评标委员会成员的专业判断，依据招标文件中的评分标准，对各投标人的投标文件进行综合评价后得出的结果。

2. 解释主观分打分的依据：

   • 针对质疑方提出的主观分打分太低的问题，代理公司应详细解释主观分的打分依据，包括但不限于投标文件的技术方案、实施计划、团队能力、售后服务等方面的综合评价。
   • 可以提供评标委员会成员对质疑方投标文件的具体评价意见（在不违反保密原则的前提下），以证明打分结果的合理性和公正性。

3. 邀请质疑方查阅评标报告：

   • 如果质疑方对打分结果仍有异议，代理公司可以邀请其查阅评标报告，了解评标过程的详细情况和打分依据。
   • 同时，告知质疑方，如果认为评标过程存在违法违规行为，可以依法向相关监督部门提出投诉或举报。

4. 强调法律后果与责任：

   • 代理公司应明确告知质疑方，如果其质疑行为缺乏事实依据或恶意扰乱招投标秩序，将可能承担相应的法律责任，包括但不限于被取消投标资格、被列入不良行为记录名单等。
   • 鼓励质疑方以理性、合法的方式表达诉求，共同维护招投标市场的良好秩序。

在回复过程中，代理公司应保持与质疑方的良好沟通，耐心解答其疑问，并尽力消除其顾虑。如果质疑方仍然坚持其观点并采取进一步行动（如投诉、举报等），代理公司应积极配合相关监督部门的调查工作，并提供必要的协助和支持。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为你提供专业的法律服务。