这个问题涉及的是公司之间的行为界定，具体是公司纠纷还是犯罪，需要根据实际情况来判断。

首先，我们要明确“公司纠纷”与“犯罪”的区别。公司纠纷通常指的是公司之间或公司内部因合同、权益分配、经营管理等事项产生的争议，这些争议一般通过民事诉讼或仲裁等方式解决。而犯罪则是指违反刑法规定，具有社会危害性，应当受到刑罚处罚的行为。

针对您提出的情况，一个公司将另外一个公司的建筑材料用在自己工程上，这一行为可能涉及多种法律性质：

1. 如果这一行为是经过了对方公司同意的，比如通过合法的买卖、租赁或借用等方式，那么这就属于公司之间的正常商业行为，即使后续产生纠纷，也主要是民事纠纷，而非犯罪。

2. 如果这一行为是在对方公司不知情或未同意的情况下进行的，那么就可能涉嫌犯罪。具体来说：

   • 如果这一行为是以非法占有为目的，即故意将对方公司的建筑材料占为己用，且数额较大，那么可能构成盗窃罪。
   • 如果这一行为是通过欺骗手段进行的，比如冒充对方公司工作人员或伪造相关文件，那么可能构成诈骗罪。
   • 另外，如果这一行为还涉及其他犯罪行为，如破坏生产经营、职务侵占等，也可能根据具体情况被追究相应的刑事责任。

因此，要判断这一行为是公司纠纷还是犯罪，需要具体分析行为的具体情况和性质。如果这一行为涉及到了犯罪行为，那么受害公司可以向公安机关报案，由公安机关进行立案侦查，并依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任。如果这一行为主要是民事纠纷，那么受害公司可以通过民事诉讼或仲裁等方式来维护自己的合法权益。

总之，对于这类问题，我们需要根据具体情况来判断，并采取相应的法律措施来维护自己的权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。