针对您提出的“旷工3天算自动离职，公司需要做哪些操作”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确一点，公司规章制度中关于“旷工3天算自动离职”的规定，必须经过民主程序制定，并且已经向员工公示并经过员工确认，同时该规定不违反国家法律法规，才能作为处理员工旷工行为的依据。如果公司规章制度中有这样的规定，并且符合上述条件，那么员工旷工3天确实可能构成自动解除劳动关系的条件。

然而，即便员工旷工3天符合公司规章制度中自动离职的条件，公司仍需按照《劳动合同法》的规定，向员工出具解除或终止劳动合同的证明。这是公司的法定义务，不能因员工旷工而免除。

接下来，公司需要做的具体操作包括：

1. 确认旷工事实：公司需要收集员工旷工的证据，如考勤记录、请假记录等，以确认员工确实旷工3天。

2. 依据规章制度处理：根据公司规章制度中关于旷工和自动离职的规定，对员工进行处理。如果规章制度中明确规定了旷工3天算自动离职，并且该规定合法有效，那么公司可以依据此规定处理。

3. 出具离职证明：无论员工是否因旷工而自动离职，公司都需要在解除或终止劳动合同时，向员工出具解除或终止劳动合同的证明。这是公司的法定义务，也是员工后续办理失业、社保转移等手续的重要依据。

4. 结算工资和福利：公司需要按照员工实际工作天数和劳动合同约定，结算员工应得的工资和福利。不能因员工旷工而扣除其正常工作期间的工资，这是违法的。如果员工旷工给公司造成了经济损失，公司可以依据劳动合同约定要求员工赔偿，但赔偿金额应合理，并且不能超过员工当月工资的20%（根据《工资支付暂行规定》第十六条）。

5. 办理离职手续：公司需要协助员工办理离职手续，如社保转移、公积金提取等，确保员工能够顺利离职。

最后，我想强调的是，公司在处理员工旷工和自动离职问题时，必须严格遵守国家法律法规和公司规章制度，确保处理过程合法、公正、透明。如果公司违反规定处理员工离职问题，可能会面临劳动仲裁或法律诉讼的风险。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。