工厂仅搬迁某个部门时，员工是否有权获得赔偿，这主要取决于搬迁是否对劳动合同的履行产生了实质性影响。以下是对此问题的详细分析：

一、未对劳动合同履行产生实质影响的情况

若工厂搬迁某个部门，但工作地点变化不大，或者公司采取了有效的弥补措施（例如提供班车、交通补贴等），确保员工能够基本按照原劳动合同的约定继续工作，此时可认为搬迁并未对劳动合同的履行造成实质性影响。在此情况下：

1. 员工义务：员工应继续履行劳动合同约定的义务，按时到岗工作。
2. 赔偿问题：若员工因个人原因拒绝到新岗位工作并主动离职，工厂通常无需支付经济补偿。

二、对劳动合同履行产生实质影响的情况

若部门搬迁导致工作地点发生重大变化，如通勤距离大幅增加、工作环境或条件显著恶化，且工厂未能采取合理的弥补措施，这种情况将被视为劳动合同订立时所依据的客观情况发生了重大变化。具体判断标准包括：

1. 工作地点变化：是否使得员工难以按原合同约定提供劳动。
2. 工作环境与待遇：是否发生了对员工不利的重大改变。

在这种情况下，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定：

1. 解除劳动合同：若劳动合同无法履行，且用人单位与劳动者协商未能就变更劳动合同内容达成协议，用人单位可以解除劳动合同，但需提前三十日以书面形式通知劳动者或额外支付一个月工资。
2. 经济补偿：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条的规定，用人单位因此解除劳动合同的，应向劳动者支付经济补偿。补偿标准按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，且有一定上限规定。

三、应对建议

面对工厂部门搬迁可能引发的赔偿纠纷，员工可以采取以下步骤维护自身权益：

1. 与工厂协商：首先尝试与工厂进行沟通，了解搬迁的具体情况和影响，以及工厂是否计划采取弥补措施。
2. 保留证据：收集并保存所有与搬迁相关的证据，包括搬迁通知、工作地点变化证明、工资待遇调整通知等。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：若协商无果，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付经济补偿。对仲裁结果不满意时，员工还可以向人民法院提起诉讼以维护自身权益。

综上所述，工厂仅搬迁某个部门时，员工是否有权获得赔偿取决于搬迁是否对劳动合同的履行产生了实质性影响。在处理此类问题时，应综合考虑工作地点、工作环境、待遇等多方面因素，并依据相关法律法规进行妥善处理。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。