结论：合同专用章将“合同”几个字盖起来，合同在满足一定条件下仍然有效，但这种盖章方式存在法律风险，不建议采用。

分析说明：

1. 合同有效的基本条件：

   • 合同的有效性主要取决于合同内容是否合法、双方意思表示是否真实、是否具备合同成立的形式要件等。盖章作为合同成立的一种形式要件，其核心在于证明合同是双方真实意思的表示，并确认合同的内容。
   • 只要合同内容合法，双方意思表示真实，且合同本身没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么即使合同专用章盖住了“合同”几个字，也不影响合同的法律效力。因为盖章的本质是确认合同，而非确认“合同”这两个字。

2. 盖章方式的风险：

   • 将“合同”几个字盖起来，可能会引发对方对合同真实性的质疑。在合同纠纷中，如果一方对合同的效力提出异议，这种盖章方式可能会成为对方攻击的点，增加合同被认定为无效或可撤销的风险。
   • 从实务操作的角度来看，清晰的盖章方式有助于明确合同双方的权利义务，减少不必要的纠纷。因此，建议采用更为清晰、明确的盖章方式，如直接在合同落款处盖章。

3. 法律建议：

   • 为了避免不必要的法律风险，建议在签订合同时，使用清晰、明确的盖章方式，确保合同专用章完整地盖在合同落款处，以证明合同的真实性和合法性。
   • 如果已经采用了将“合同”几个字盖起来的盖章方式，且合同内容合法、双方意思表示真实，那么可以积极收集证据，证明合同的实际履行情况，以应对可能出现的合同纠纷。

特殊场景提醒：

• 在某些特殊情况下，如合同涉及重大利益或双方对合同条款存在争议时，更应注重盖章的清晰性和明确性。因为这些情况下，合同的真实性和合法性更容易受到质疑，清晰的盖章方式有助于维护双方的合法权益。

后续行动建议：

• 如果您已经采用了这种盖章方式，并担心合同效力问题，建议尽快与对方沟通，确认双方对合同内容的认可，并考虑重新签订一份清晰、明确的合同。
• 如果您在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。