结论：针对您出院诊断写全休三个月但公司不认同的情况，您可以从以下几个角度来处理：首先，明确医疗期的法律依据与认定；其次，与公司沟通并提供充分证据；最后，若沟通无果，可考虑通过法律途径解决。

1. 医疗期的法律依据与认定

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。医疗期的长度根据职工本人实际参加工作年限和在本单位工作年限来确定，一般为三个月到二十四个月不等。在您的情况下，如果出院诊断明确写明需要全休三个月，且这一诊断是由具有合法资质的医疗机构出具的，那么这三个月应被视为您的医疗期。

2. 与公司沟通并提供充分证据

• 沟通：首先，您可以尝试与公司的人力资源部门或直接上级进行沟通，解释您的病情和医疗期的必要性。在沟通过程中，保持冷静和理性，以事实为依据，说明您的诉求。
• 提供证据：为了支持您的观点，您可以向公司提供出院诊断书、病历记录、医生建议等医疗证明文件。这些文件应详细记录您的病情、治疗过程和需要休息的时间，以证明您确实需要三个月的医疗期。

3. 若沟通无果，考虑法律途径

• 申请劳动仲裁：如果与公司沟通后，公司仍然不认同您的医疗期，您可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁。在申请仲裁时，您需要提交相关证据，如医疗证明文件、与公司沟通的记录等，以证明您的诉求是合理的。
• 提起诉讼：如果劳动仲裁结果不满意，您还可以向法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要准备充分的证据来支持您的观点，并可能需要聘请律师来代表您进行诉讼。

4. 注意事项

• 保留证据：在整个过程中，务必保留好所有与医疗期相关的证据，如医疗证明文件、沟通记录等。这些证据将在后续的法律程序中起到关键作用。
• 了解法律程序：在申请劳动仲裁或提起诉讼前，建议您先了解相关的法律程序和规定，以便更好地维护自己的权益。
• 寻求专业帮助：如果您对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师的帮助。作为专注于婚姻家庭、劳动纠纷领域的律师，我可以为您提供专业的法律咨询和代理服务。

5. 可能的法律后果

• 如果公司违法解除劳动合同：如果公司在医疗期内违法解除与您的劳动合同，您有权要求公司继续履行劳动合同或支付赔偿金。赔偿金的计算通常根据您在公司的工作年限和工资水平来确定。
• 如果公司未支付医疗期工资：根据法律规定，公司在医疗期内应支付您病假工资或疾病救济费。如果公司未支付这些费用，您有权要求公司补发并可能获得相应的赔偿。

总之，面对公司不认同您医疗期的情况，您应首先明确医疗期的法律依据与认定，然后与公司进行沟通并提供充分证据。如果沟通无果，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。在整个过程中，务必保留好相关证据并了解法律程序。如有需要，您可以随时向我咨询相关法律问题。