存量违法用地，这一概念主要涉及到土地利用的合规性与历史遗留问题。简单来说，存量违法用地指的是那些在过去某个时间点已经存在，但并未按照相关法律法规或规划要求进行合法使用的土地。这些土地可能原本就未经批准擅自占用，或者虽然曾经获得过批准，但后续的使用方式、用途等发生了改变，且未按照新的要求进行合法调整或补办手续。
具体来说，存量违法用地可以包括多种情况：
未经批准擅自占用的土地：这类土地在占用时并未获得相关部门的批准，可能是个人或单位为了自身利益而擅自占用的，如农村乱占耕地建房中的部分存量问题就属于此类。
批准后改变用途的土地：有些土地在获得批准时，其用途是明确的，如工业用地、商业用地等。但在后续的使用过程中，土地的使用者可能未经批准就擅自改变了土地的用途，如将工业用地改为住宅用地，这种改变用途的行为也构成了违法用地。
超过批准期限使用的土地：有些土地在获得批准时，会明确规定其使用期限。如果土地使用者在使用期限届满后，未经批准继续占用土地，那么这种行为也属于违法用地。
对于存量违法用地的处理，通常需要遵循依法依规、分类处置的原则。一方面，要对违法用地行为进行严肃查处，该拆除的要拆除，该没收的要没收，该复耕的要限期恢复耕种条件，该追究责任的要依法依规追究责任。另一方面，也要考虑到历史遗留问题的复杂性，对于一些特殊情况，可以采取分类处置的方式，如通过补办手续、调整规划等方式使其合法化。
以农村乱占耕地建房为例，对于存量问题，通常会先进行摸排，明确违法违规建房的具体情况，包括房屋类型、建设和使用情况、土地违法和处罚情况等。然后，根据摸排结果，制定分类处置方案，对于恶意占地建房行为进行重点整治，同时避免简单化、“一刀切”的做法，确保整治工作依法有序进行。
总的来说，存量违法用地是一个复杂而敏感的问题，需要我们在处理时既要坚持原则，又要灵活应对，确保土地资源的合理利用和保护。