员工因年休假问题申请劳动仲裁是有效的，且仲裁时效一般为一年，但具体起算点、中断与中止情况需根据法律规定及实际情况具体分析。以下是对这一问题的详细解答：
一、仲裁时效的一般规定
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，这一规定同样适用于年休假工资的争议。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。例如，若员工在2023年未休年假且用人单位未支付相应工资，则员工应在2024年内提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
二、特殊情形下的仲裁时效
劳动关系存续期间：
- 在劳动关系存续期间，若因拖欠劳动报酬（含年休假工资）发生争议，劳动者申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制。这意味着，如果公司在员工在职期间一直未支付未休年休假工资，员工可在劳动关系终止之日起一年内随时主张。
仲裁时效的中断：
- 在以下情况下，仲裁时效会中断并重新计算：
- 当事人一方向对方当事人主张权利，如通过书面、口头等方式要求支付未休年休假工资；
- 向有关部门请求权利救济，如向劳动监察部门投诉；
- 对方当事人同意履行义务，如书面承诺支付未休年休假工资等。
- 例如，若员工在2024年3月向公司书面提出支付未休年休假工资的要求，仲裁时效将从公司收到书面要求时中断，并重新开始计算一年。
仲裁时效的中止：
- 若因不可抗力或其他正当理由（如无民事行为能力或限制民事行为能力劳动者的法定代理人未确定）导致当事人无法在规定的仲裁时效期间内申请仲裁，仲裁时效将中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
三、年休假工资的具体仲裁时效起算点
- 对于未休年休假工资报酬中的正常工作时间工资部分，通常随月工资一同发放，因此其仲裁时效起算点与普通工资争议类似，即从用人单位未正常发放该部分工资之日起计算一年。
- 对于未休年休假工资报酬中的额外200%部分，因其性质属于对用人单位未依法安排劳动者休年休假的惩罚性赔偿，故较多观点认为，应从应休年休假年度结束后的次年1月1日起算一年仲裁时效。例如，2022年度的年休假未休，则该部分仲裁时效从2023年1月1日起算至2023年12月31日届满。
四、建议与提醒
- 及时主张权利：员工在发现权利被侵害后，应尽快采取行动，并在规定的时效内及时主张自己的权利，以免因时效经过而丧失胜诉权。
- 保留证据材料：务必保留好相关证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录、年休假申请记录等，以便在需要时证明自己的权益受到侵害。
- 咨询专业律师：虽然我作为王晶律师已经为你提供了详细的解答，但年休假问题可能涉及复杂的法律条款和司法实践。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。
综上所述，员工因年休假问题申请劳动仲裁是有效的，但需注意仲裁时效的规定。在维护自身权益时，请务必了解并遵守相关法律规定，以确保自己的合法权益得到有效保护。