医院若使用套打发票且未被查出，一旦被发现仍需承担行政、民事甚至刑事责任，具体责任类型及后果需结合行为性质、情节严重程度及损害后果综合判断。以下从不同法律角度展开分析：

一、行政责任：违反发票管理规定，面临税务机关处罚

根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条及第三十五条，医院若存在“转借、转让、介绍他人转让发票”“拆本使用发票”“扩大发票使用范围”“以其他凭证代替发票使用”或“未按照规定开具发票”等行为（套打发票可能涉及其中多项），税务机关可责令改正，并处1万元以下罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下罚款，同时可能没收违法所得。
关键点：即使医院未被“当场查出”，但税务机关可通过发票流向核查、患者举报、审计抽查等方式追溯违法行为，处罚不因“未被发现”而免除。

二、民事责任：损害患者权益需赔偿，可能引发合同纠纷

若套打发票导致患者无法正常报销医保、商业保险（如发票信息与实际诊疗不符），或因发票瑕疵被保险公司拒赔，患者可依据《中华人民共和国民法典》第一千二百一十八条（医疗损害责任）或第五百七十七条（违约责任），要求医院赔偿实际损失（如自费支付的医疗费、保险拒赔金额等）。
典型场景：患者持套打发票申请医保报销时被拒，医院需承担患者因此产生的额外费用；若发票套打行为被认定为“欺诈”，患者还可主张“退一赔三”（根据《消费者权益保护法》第五十五条）。

三、刑事责任：情节严重可能构成犯罪，面临刑罚

若医院套打发票行为涉及虚开发票（如虚构诊疗项目、金额），且达到刑事立案标准（如虚开发票金额50万元以上或虚开发票100份以上），可能触犯《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一（虚开发票罪），对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处2年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处2年以上7年以下有期徒刑，并处罚金。
特殊情形：若套打发票同时涉及骗取医保基金（如虚构诊疗记录套取医保），还可能构成诈骗罪，刑罚更重（最高可处无期徒刑）。

四、其他后果：信用受损、行业监管处罚

除法律责任外，医院还可能因套打发票被纳入“税收违法黑名单”，影响信用评级；在医疗行业监管中，可能面临卫生健康部门的警告、通报批评、暂停执业等处罚，甚至影响医院等级评审、医保定点资格。

建议：医院应严格遵守发票管理规定，确保发票真实、完整、与实际诊疗一致；若已存在套打行为，应主动向税务机关说明情况并补缴税款，降低法律风险。患者若发现医院套打发票，可向当地税务机关举报（12366热线）或通过法律途径维权。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供针对性分析。