医疗机构未保存采购医疗器械发票，会面临责令改正的处罚，同时还可能面临其他行政处罚。具体分析如下：
责令改正：
- 根据《医疗器械监督管理条例》的相关规定，医疗机构作为医疗器械的使用单位，有义务妥善保存购进第三类医疗器械的原始资料，这自然包括采购发票等关键凭证。若医疗机构未按照规定保存这些资料，药品监督管理部门将首先责令其改正，即要求医疗机构在规定期限内补齐或完善相关资料的保存工作。
其他行政处罚：
- 除了责令改正外，如果医疗机构拒不改正或者情节严重，药品监督管理部门还将视情况给予警告、罚款等行政处罚。罚款的数额将根据违法行为的性质、情节以及造成的后果等因素综合确定，可能达到数万元甚至更高。
法律后果的严重性：
- 医疗机构未保存采购医疗器械发票的行为，不仅可能面临行政处罚，还可能对医疗机构的信誉和运营造成负面影响。在医疗纠纷或法律诉讼中，缺乏完整的采购记录可能使医疗机构处于不利地位，难以证明其采购行为的合法性和合规性。
合规建议：
- 为避免上述法律后果，医疗机构应建立健全的医疗器械采购管理制度，确保采购发票等原始资料的完整保存。同时，医疗机构还应加强对相关人员的培训和教育，提高其对医疗器械采购管理重要性的认识，确保各项规定得到有效执行。
若医疗机构在医疗器械采购管理方面存在疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。我将根据具体情况提供专业、全面的法律建议。