环境法中责令限期治理制度的变化，主要源于法律体系的修订与执法机制的调整，目前该制度已不再作为独立的行政处罚种类存在，而是被整合至更综合的环境监管措施中。以下从法律修订、执法机制调整及现行替代措施三个角度进行详细分析：

一、法律修订：责令限期治理制度被整合或替代

1. 原制度背景：责令限期治理曾是我国环境法中的一项重要制度，主要针对超标排放污染物、造成严重环境污染的企业事业单位，要求其在一定期限内完成治理任务，否则将面临更严厉的处罚。这一制度在早期的《环境保护法》及相关单行法中均有体现。

2. 修订情况：随着环境法律体系的不断完善，特别是《环境保护法》的多次修订（如2014年修订），责令限期治理制度逐渐被整合或替代。现行法律更倾向于采用更综合、更灵活的监管措施，如按日连续处罚、查封扣押、限产停产等，以更有效地应对环境污染问题。

3. 具体条款变化：以《环境保护法》为例，原法中关于责令限期治理的条款在修订后已被删除或修改，取而代之的是更具体的环境监管措施和处罚条款。例如，现行《环境保护法》第六十条规定了对超标排放污染物的企业事业单位的处罚措施，包括责令限制生产、停产整治等，但并未明确提及“责令限期治理”。

二、执法机制调整：更注重综合监管与效果导向

1. 综合监管趋势：近年来，我国环境执法机制逐渐向综合监管转变，强调多部门协同、多手段并用，以更有效地应对复杂多变的环境问题。责令限期治理制度作为单一手段，已难以满足综合监管的需求。

2. 效果导向：现行环境法律更注重治理效果而非形式上的治理期限。因此，执法部门在监管过程中更倾向于根据企业的实际治理情况和环境影响，灵活采取处罚措施，以确保环境质量的持续改善。

三、现行替代措施：更灵活多样的环境监管手段

1. 按日连续处罚：对持续违法排放污染物的企业事业单位，执法部门可以按照原处罚数额按日连续处罚，直至违法行为终止。这一措施有效增强了法律的威慑力，促使企业尽快整改。

2. 查封扣押：对造成严重环境污染的企业事业单位，执法部门可以查封、扣押造成污染物排放的设施、设备，以防止污染进一步扩大。

3. 限产停产：对超标排放污染物且情节严重的企业事业单位，执法部门可以责令其限制生产、停产整治。这一措施直接针对企业的生产活动，迫使其采取有效措施减少污染物排放。

4. 其他措施：此外，现行法律还规定了其他多种环境监管措施，如环境行政拘留、环境犯罪刑事追究等，以形成对环境违法行为的全方位打击。

总结与建议：环境法中责令限期治理制度的消失，是法律体系修订和执法机制调整的必然结果。现行法律通过更综合、更灵活的监管措施，更有效地应对了环境污染问题。如果您在环境法律方面遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。