在交通事故被认定为工伤的情况下，公司会发工资，具体来说是在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。以下是对此问题的详细解析：
一、工伤认定与工资支付的基本原则
工伤认定条件：员工在交通事故中受伤，若同时满足工伤认定条件（如工作时间、工作地点、工作原因等），则可被认定为工伤。工伤认定需由当地劳动部门或相关机构进行，并依据相关法律法规作出决定。
停工留薪期工资支付：
- 法律依据：根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 支付标准：停工留薪期工资按照职工受伤前12个月的平均工资来计算。如果职工工作不满12个月，则按实际工作月数的平均工资计算。这里的“原工资福利待遇”通常指的是工伤职工在受伤前正常出勤情况下的工资收入和福利待遇，包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等，但不包含加班工资。
- 支付时长：停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。工伤职工评定伤残等级后，停发原待遇，转而享受伤残待遇。若停工留薪期满后仍需治疗，则继续享受工伤医疗待遇。
二、交通事故责任与工伤认定的关系
责任归属影响工伤认定：如果交通事故的主要责任在员工自己，可能无法认定为工伤，此时公司无需支付工伤期间的工资。若责任在对方，或双方都有责任但员工是受害者，并且符合其他工伤认定条件，则公司应按规定支付停工留薪期工资及提供其他工伤保险待遇。
特殊情况处理：在交通事故引发的工伤中，可能会涉及民事侵权赔偿与工伤保险待遇的竞合问题。处理方式因地区而异，主要分为两种模式：
- 双重赔偿模式：部分地区支持职工既可以向侵权人主张民事赔偿（包括误工费），也可以享受工伤保险待遇（停工留薪期工资）。
- 补充赔偿模式：部分地区则采取补充方式，即民事赔偿中已获得误工费赔偿的，在工伤保险待遇中相应的停工留薪期工资会进行抵扣。
三、实际案例与操作建议
案例说明：假设某员工在上班途中遭遇交通事故，经认定符合工伤条件。该员工受伤前12个月的平均工资为5000元/月，停工留薪期为6个月。则公司应在这6个月内，每月支付该员工5000元的工资。
操作建议：
- 及时申请工伤认定：员工在发生交通事故后，应尽快向当地劳动部门申请工伤认定，以便享受相应的工伤保险待遇。
- 保留相关证据：员工应保留好与交通事故和工伤认定相关的所有证据，如交通事故责任认定书、医疗证明、工资单等，以便在需要时提供证明。
- 咨询专业律师：由于各地对于交通事故工伤双重赔偿的具体规定和执行细节可能存在差异，建议员工在遇到复杂情况时及时咨询专业律师，以维护自身合法权益。
综上所述，员工在交通事故中被认定为工伤时，公司有义务支付停工留薪期工资，具体标准依据《工伤保险条例》执行。同时，需注意交通事故责任对工伤认定的影响，以及误工费赔偿与停工留薪期工资之间的协调问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。