结论前置：公司不能仅通过规章制度直接规定服务期违约金，这样的规定在法律上通常是不被认可的。
详细分析：
服务期协议的法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，服务期是用人单位与劳动者约定的，劳动者在用人单位提供专项培训费用，对其进行专业技术培训后，应当为用人单位服务的期限。这种约定必须通过双方协商一致，并以书面形式确定，即签订服务期协议。
规章制度与劳动合同法的关系：
- 公司的规章制度虽然对员工具有一定的约束力，但其内容必须符合法律法规的规定，且不能与劳动合同法的强制性规定相抵触。规章制度中关于服务期违约金的规定，如果没有经过与劳动者的协商一致，并且未以书面形式确定，那么这样的规定在法律上是无效的。
违约金的适用条件：
- 即使签订了服务期协议，违约金的适用也有严格的条件限制。根据劳动合同法，用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。同时，劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
实际操作建议：
- 对于公司而言，如果希望与员工约定服务期并设置违约金条款，应当与员工进行协商，并签订书面的服务期协议。协议中应明确培训的内容、费用、服务期的期限以及违约金的数额和计算方式等关键条款。
- 对于员工而言，在签订服务期协议前，应仔细阅读协议内容，了解自己的权利和义务，特别是违约金的条款，确保自己的合法权益不受侵害。
可能产生的法律后果：
- 如果公司仅通过规章制度规定服务期违约金，而未与员工签订书面的服务期协议，那么这样的规定在法律上可能被视为无效。一旦发生纠纷，公司可能无法依据规章制度要求员工支付违约金。
- 如果公司违反法律法规的规定，强行要求员工支付违约金，员工有权向劳动争议调解仲裁机构或人民法院提起申诉或诉讼，维护自己的合法权益。
总结与建议：
公司不能仅通过规章制度直接规定服务期违约金。为了确保双方的权益得到保障，公司应当与员工签订书面的服务期协议，并明确约定培训内容、费用、服务期期限以及违约金的数额和计算方式等关键条款。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。