针对您提出的“当土地流转期限超过了承包期限双方应该怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、核心结论
超过承包期限流转土地的超出部分是无效的，不受法律保护。这是基于《中华人民共和国农村土地承包法》及相关司法解释的明确规定。
二、法律依据与分析
法律限制：
- 《农村土地承包法》第三十八条明确规定，土地经营权流转应当遵循的原则之一就是流转期限不得超过承包期的剩余期限。
- 《民法典》第三百三十九条也规定了土地承包经营权人可以依法流转土地经营权，但同样受到承包期剩余期限的限制。
超期部分的法律效力：
- 根据相关司法解释，若流转合同约定的期限超出原承包期限，超出部分因违反法律强制性规定而无效。但合同的其他部分，如果符合法定条件，仍然是有效的。
- 举例来说，如果原承包合同剩余期限为5年，而流转合同约定了10年，那么后5年的流转期限是无效的。
无效后果：
- 超期部分无法获得法律保护，受让方无权主张继续履行或要求赔偿损失。
- 如果因无效导致损失，双方需要根据各自的过错来分担责任。例如，如果一方明知超期仍签订合同，那么该方可能需要承担更大的责任。
三、实际处理建议
核实承包期剩余时间：
- 在签订流转合同之前，双方应当仔细核实原承包合同的到期日，确保流转期限不超过承包期的剩余期限。
明确约定条款：
- 在合同中明确注明“流转期限以原承包期剩余期限为准”，以避免未来可能出现的纠纷。
续期后再流转：
- 如果双方希望长期流转土地，可以协商在原承包期满后由发包方与承包方续签合同，然后再进行流转。这样可以确保流转期限的合法性和有效性。
四、总结
超过承包期限流转土地的超出部分因违反法律强制性规定而无效。为了避免因无效约定引发纠纷，双方在签订流转合同时应当严格遵守法律规定，确保流转期限合法合规。如果确实需要长期流转土地，可以考虑在原承包期满后进行续期再流转。希望这些解答和建议能对您有所帮助。