若废标后发现已进入合同履行阶段，核心处理方式需依据废标合法性及合同效力分情况讨论，具体如下：

1. 若废标决定合法有效，合同自始无效，应立即终止履行并恢复原状
   根据《招标投标法》第四十六条，招标人与中标人应自中标通知书发出之日起30日内签订书面合同。若废标决定符合法定程序（如存在围标串标、弄虚作假等情形），且已通过行政监督部门或司法机关确认，则中标通知书自始不产生法律效力，合同因缺乏合法前提而无效。此时需：

   • 立即终止履行：双方应停止执行合同内容，避免扩大损失；
     
   • 恢复原状：已履行的部分（如已交付的货物、已支付的款项）应相互返还，无法返还的需折价补偿；
     
   • 责任划分：若一方存在过错（如招标人违规废标或中标人隐瞒事实），需承担缔约过失责任，赔偿对方合理损失。

2. 若废标决定违法，合同仍有效，需继续履行或承担违约责任
   若废标决定因程序违法（如未依法公示、未听取投标人陈述申辩）或实体违法（如无正当理由废标）被撤销，则中标通知书及合同效力不受影响。此时需：

   • 继续履行合同：双方应按合同约定完成剩余义务；
     
   • 违约救济：若一方因废标决定暂停履行导致违约，需承担继续履行、赔偿损失等责任；
     
   • 行政追责：可向行政监督部门投诉违法废标行为，要求对责任方（如招标人、代理机构）处以罚款、没收违法所得等处罚。

3. 若合同已部分履行且无法恢复，可协商变更或终止合同
   若合同已履行至关键阶段（如工程已完工、货物已使用），恢复原状成本过高或不可能，双方可：

   • 协商变更合同：重新约定价款、工期等条款，使合同继续有效；
     
   • 协商终止合同：通过补充协议明确终止后的权利义务，如剩余款项支付、质量保证等；
     
   • 司法介入：若协商不成，可向法院或仲裁机构申请确认合同效力或处理争议，法院可能根据公平原则调整双方利益。

风险提示：废标后进入合同履行阶段可能涉及行政违法与民事违约的竞合，建议立即核查废标决定的合法性（如是否收到行政复议决定或法院判决书），并固定相关证据（如合同、履行记录、沟通函件）。若涉及重大项目，建议同步向行政监督部门报告并咨询专业法律意见。