建设工程施工总承包单位项目经理变更未及时备案，主要违反了《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》以及地方性相关法规或规章中关于工程备案管理的规定。以下是对此问题的详细分析：
违反《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》：
- 该办法通常会对建筑工程施工过程中的各类违法行为进行认定和查处，其中就可能包括项目经理变更未及时备案的情况。虽然具体条款可能因版本更新或地方实施细则而有所不同，但一般而言，项目经理作为施工总承包单位的重要管理人员，其变更应当及时向相关部门进行备案，以确保工程管理的连续性和合规性。未及时备案可能被视为违反了工程管理的相关规定，从而受到相应的处罚。
违反地方性相关法规或规章：
- 除了国家层面的法规外，各地还可能根据本地实际情况制定了一些地方性的法规或规章，对建筑工程施工过程中的备案管理进行更为详细的规定。这些地方性法规或规章可能明确要求项目经理变更后必须在一定期限内向相关部门进行备案，否则将面临罚款、责令整改等处罚措施。
法律后果与建议：
- 法律后果：如果建设工程施工总承包单位未及时对项目经理变更进行备案，可能会面临行政处罚，如罚款、责令限期改正等。同时，这种违规行为还可能影响企业的信誉和资质评定，对企业的长远发展产生不利影响。
- 建议：为了避免不必要的法律风险和损失，建设工程施工总承包单位应当严格遵守相关法律法规和规章的规定，及时对项目经理变更进行备案。在变更项目经理时，应提前了解并熟悉相关备案流程和要求，确保在变更后能够迅速、准确地完成备案工作。
实际操作中的注意事项：
- 在实际操作中，建设工程施工总承包单位还应注意保留好项目经理变更的相关证据和文件，如变更通知、任命文件等，以备不时之需。
- 同时，单位还应加强对项目经理的管理和培训，确保其能够熟悉并遵守相关法律法规和规章的规定，避免因个人疏忽或无知而给单位带来不必要的法律风险。
如有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更为专业和全面的解答。