将分公司公章遮盖使用，这一行为是否违法，需根据具体情况来判断，但通常这种行为可能涉及违法或违规操作，存在较大的法律风险。以下从几个角度进行详细分析：
公章的法律意义：
- 公章是公司对外表示其意志、进行法律行为的重要工具，具有法律效力。分公司作为公司的分支机构，其公章同样代表分公司的意志，并在一定范围内具有法律效力。
- 遮盖公章使用，可能破坏公章的完整性和真实性，导致公章的法律效力受到质疑或否定。
遮盖公章使用的可能后果：
- 合同效力问题：如果遮盖公章用于签订合同，可能因公章不真实或存在瑕疵而导致合同效力受到质疑。根据《民法典》的相关规定，合同应当是双方真实意思的表示，且不得违反法律、行政法规的强制性规定。遮盖公章可能构成对合同真实性的破坏，从而影响合同的效力。
- 法律责任问题：遮盖公章使用可能构成伪造、变造公司印章的行为，根据《刑法》的相关规定，伪造公司、企业、事业单位、人民团体的印章的，可能面临刑事处罚。即使不构成刑事犯罪，也可能因违反公司章程或内部管理规定而承担民事责任或行政责任。
分公司公章使用的特殊规定：
- 分公司作为公司的分支机构，其公章的使用通常受到公司章程或内部管理规定的严格限制。遮盖公章使用可能违反这些规定，导致分公司或相关责任人员承担法律责任。
- 如果分公司未经公司授权或超越授权范围使用公章，也可能构成违规操作，需要承担相应的法律责任。
建议与措施：
- 严格遵守公章使用规定：公司应制定明确的公章使用规定，并确保分公司严格遵守。任何使用公章的行为都应经过适当授权，并确保公章的真实性和完整性。
- 加强公章管理：公司应加强对公章的管理和监督，确保公章的安全和正确使用。可以采取定期检查、使用登记等措施来防止公章被滥用或遮盖使用。
- 及时寻求法律帮助：如果发现分公司存在遮盖公章使用的行为，公司应及时寻求法律帮助，了解相关法律责任和风险，并采取相应措施来维护自身权益。
总结来说，将分公司公章遮盖使用通常是不合法的，可能涉及伪造、变造公司印章等违法行为，并可能导致合同效力问题、法律责任问题等。因此，建议公司严格遵守公章使用规定，加强公章管理，并在发现问题时及时寻求法律帮助。如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。