用人单位在劳动仲裁申请中能否要求劳动者返还垫付的工资，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、若用人单位无合法依据垫付工资
法律背景：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。
- 若用人单位在无合法依据的情况下（如错误计算、误发等）垫付了工资，这并不构成劳动者应返还的法定理由，除非能证明劳动者存在不当得利。
法律建议：
- 用人单位应首先审查自身工资支付制度及计算方式，确保工资发放的准确性。
- 若确实存在误发情况，用人单位可与劳动者协商返还，但协商不成时，不能直接通过劳动仲裁要求返还，而可能需要通过民事诉讼途径解决，且需承担举证责任，证明劳动者构成不当得利。
二、若劳动者存在欺诈、恶意串通等行为导致用人单位垫付工资
法律背景：
- 若劳动者通过欺诈、恶意串通等手段，使用人单位在不知情的情况下垫付了工资，这可能构成劳动者的不当得利或违法行为。
- 在此情况下，用人单位有权要求劳动者返还垫付的工资，并可能追究其法律责任。
法律建议：
- 用人单位应收集相关证据，如劳动合同、工资支付记录、劳动者欺诈或恶意串通的证据等，以证明其垫付工资的合法性及劳动者的不当行为。
- 用人单位可以在劳动仲裁中提出反申请，要求劳动者返还垫付的工资，并可能要求劳动者承担因此造成的损失。
三、若用人单位与劳动者就工资支付存在争议，且用人单位已先行垫付
法律背景：
- 在劳动仲裁过程中，若双方对工资支付存在争议，用人单位可能出于各种原因（如维护劳动关系、避免进一步纠纷等）先行垫付了工资。
- 这种情况下，垫付行为本身并不构成劳动者应返还的法定理由，除非仲裁裁决或后续法律程序认定用人单位无需支付该部分工资。
法律建议：
- 用人单位在先行垫付工资时，应明确垫付的性质和目的，并保留相关证据。
- 若仲裁裁决或后续法律程序认定用人单位无需支付该部分工资，用人单位可以要求劳动者返还垫付的工资。但在此之前，用人单位不能单方面要求劳动者返还。
四、特殊情况：用人单位以“返还垫付工资”为名，行克扣工资之实
法律背景：
- 实践中，存在用人单位以“返还垫付工资”为名，实际上是在克扣劳动者工资的情况。这种行为违反了《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，是违法的。
法律建议：
- 劳动者应警惕用人单位的此类行为，并保留相关证据（如工资条、银行流水、劳动合同等）。
- 若劳动者认为用人单位存在克扣工资的行为，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结与建议：用人单位在劳动仲裁申请中能否要求劳动者返还垫付的工资，取决于具体情况和证据。建议用人单位在处理此类问题时，务必谨慎行事，确保自身行为的合法性和合理性。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。