贪污员工工资被查后，一般情况下是会还给员工的。以下从不同角度为你详细分析：
法律层面
贪污行为的定性：贪污员工工资属于违法行为，可能涉及职务侵占罪或贪污罪（具体取决于行为人的身份和贪污手段）。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，这些犯罪行为一旦被查实，行为人需要承担刑事责任，包括有期徒刑、拘役、罚金等。
追缴与返还：在刑事诉讼过程中，司法机关会依法追缴行为人非法占有的员工工资。追缴的目的是为了恢复被侵害的财产关系，确保员工的合法权益得到保障。一旦追缴成功，这些工资会依法返还给员工。
民事赔偿：除了刑事责任外，行为人还可能需要承担民事赔偿责任。如果员工的工资因贪污行为而遭受损失，员工有权要求行为人进行赔偿。在司法实践中，民事赔偿通常与刑事追缴并行进行，以确保员工的损失得到全面弥补。
实际操作层面
调查与取证：当发现贪污员工工资的行为后，相关部门（如公安机关、检察机关）会展开调查，收集证据以证实行为人的犯罪事实。这一过程中，员工可能需要配合提供相关证据，如工资条、银行转账记录等。
追缴程序：一旦行为人的犯罪事实被证实，司法机关会启动追缴程序。这通常包括冻结行为人的银行账户、查封其财产等措施，以确保追缴的顺利进行。
返还与赔偿：追缴成功后，司法机关会按照法定程序将追缴到的工资返还给员工。如果追缴到的工资不足以弥补员工的全部损失，员工还可以通过民事诉讼途径要求行为人进行赔偿。
特殊情况
虽然一般情况下贪污员工工资被查后会还给员工，但也存在一些特殊情况。例如，如果行为人已经将贪污的工资挥霍一空，且没有其他财产可供追缴和赔偿，那么员工可能无法获得全额返还。在这种情况下，员工可以考虑通过其他途径寻求救济，如向相关部门申请救助或寻求社会援助等。不过，这种情况相对较少见，且司法机关会尽力确保员工的合法权益得到保障。
建议：如果你或你身边的人遇到了贪污员工工资的情况，建议及时向相关部门报案，并配合调查取证工作。同时，你也可以咨询专业律师（比如我），了解你的合法权益和可能的救济途径。在处理此类问题时，保持冷静和理性至关重要，以便更好地维护自己的权益。