核心结论：合同金额减少时工程预付款的扣回问题，需根据合同约定、实际履行情况及法律规定综合处理，具体分以下几种情况：

1. 合同有明确约定时，按约定执行
   若合同中已明确约定“合同金额减少时预付款的扣回方式”（如按比例扣回、固定金额扣回或分期扣回等），则双方应严格按合同条款履行。例如：

   • 合同约定“预付款按合同总金额的20%支付，若合同金额减少超过10%，则预付款按减少比例同步扣回”，此时需按减少后的金额重新计算预付款并调整；
     
   • 若合同约定“预付款为固定金额，不因合同金额变化而调整”，则发包方无权要求扣回，承包方有权保留全部预付款。
     建议：优先审查合同条款，若约定清晰，直接按约定处理；若约定模糊或存在歧义，需结合合同目的、交易习惯及法律规定进一步分析。

2. 合同无约定时，需协商或依据法律规定处理
   若合同未明确约定预付款扣回规则，双方应协商补充协议；协商不成时，可参考以下法律原则：

   • 公平原则：根据《民法典》第六条，民事主体从事民事活动应遵循公平原则。若合同金额减少系因发包方原因（如设计变更、工程量削减），承包方已为履行合同投入成本（如采购材料、组织施工），此时发包方要求全额扣回预付款可能显失公平，可主张按实际履行比例扣回；
     
   • 实际履行情况：若承包方已实际完成部分工程，可主张按已完成工程量对应的合同金额比例扣回预付款。例如：原合同金额100万元，预付款20万元，实际完成30万元工程量后合同金额减至70万元，则可主张按30/70的比例计算应扣回预付款（约8.57万元），而非直接按原比例扣回；
     
   • 损失补偿：若合同金额减少导致承包方产生损失（如材料浪费、设备闲置），可要求发包方补偿合理损失，再协商预付款扣回金额。
     建议：收集实际履行证据（如施工记录、采购发票、沟通函件等），通过协商或诉讼/仲裁主张权益。

3. 发包方违约导致合同金额减少时的特殊处理
   若合同金额减少系因发包方违约（如未按时提供施工条件、擅自变更设计），承包方可依据《民法典》第五百七十七条要求发包方承担违约责任，包括继续履行、采取补救措施或赔偿损失。此时：

   • 预付款扣回需与违约责任区分处理：发包方无权以“合同金额减少”为由单方面扣回预付款，除非承包方同意；
     
   • 承包方可主张“预付款不予扣回+违约赔偿”，或“部分扣回预付款+剩余部分作为损失赔偿”。
     建议：及时向发包方发送书面通知，明确其违约行为及己方主张，并保留证据以备维权。

总结：合同金额减少时预付款的扣回问题，核心在于合同约定与实际履行情况的匹配。建议优先协商，协商不成时根据法律原则主张权益。如有具体合同条款或履行细节需进一步分析，可直接向我咨询。