监管部门在立案查处校园食品安全违法案件时，主要遵循以下程序，结合新闻背景中市场监管总局的行动，具体分析如下：
一、案件来源与初步调查
线索收集：监管部门通过日常监督检查、学校自查报告、师生家长举报、媒体曝光等多种渠道获取校园食品安全违法线索。新闻背景中提到，截至11月底，各级市场监管部门监督检查中小学学校食堂和校外供餐单位共57.54万家次，立案查处违法案件12067件，这表明监管部门通过大规模的监督检查主动发现违法线索。
初步调查：对收集到的线索，监管部门会进行初步调查，核实违法事实是否存在，以及违法行为的性质、情节等。这一步骤是立案的前提，确保案件的真实性和可查性。
二、立案与审批
立案决定：经初步调查，认为存在违法事实且需要追究法律责任的，监管部门会依法作出立案决定。立案是启动正式调查程序的标志，意味着监管部门将投入更多资源对案件进行深入调查。
审批程序：立案决定通常需要经过监管部门内部审批程序，确保立案的合法性和合规性。这一步骤体现了监管部门对案件处理的严谨性和规范性。
三、深入调查与证据收集
现场检查：监管部门会组织执法人员对涉嫌违法的学校食堂或校外供餐单位进行现场检查，包括检查食品经营许可、人员管理、环境卫生、原料控制、加工制作过程等方面。新闻背景中提到的“季度检查、飞行检查、督导检查”等均属于现场检查的形式。
证据收集：在现场检查过程中，执法人员会收集相关证据，包括现场照片、视频、询问笔录、检验报告等。这些证据是后续行政处罚的重要依据，必须确保证据的真实性、合法性和关联性。
四、案件审查与决定
案件审查：调查终结后，监管部门会对案件进行审查，包括审查违法事实是否清楚、证据是否确凿、适用法律是否正确等。这一步骤是确保案件处理公正、合理的重要环节。
行政处罚决定：经审查认为违法事实成立且应当给予行政处罚的，监管部门会依法作出行政处罚决定。行政处罚的种类包括警告、罚款、没收违法所得、责令停产停业、吊销许可证等。新闻背景中提到，截至11月底，已罚没金额4696万元，列入严重违法失信名单40个，这体现了监管部门对违法行为的严厉打击。
五、执行与监督
执行程序：行政处罚决定作出后，监管部门会依法执行处罚决定，包括责令改正、罚款缴纳、没收违法所得等。对于拒不执行处罚决定的，监管部门可以依法申请人民法院强制执行。
社会监督：监管部门会将处罚结果向社会公示，接受社会监督。新闻背景中提到，自查和监督检查情况应当在食堂餐厅醒目位置或学校网站公布，这有助于增强透明度，形成社会共治的良好氛围。
六、后续监管与预防
后续监管：对于被处罚的学校食堂或校外供餐单位，监管部门会加强后续监管，确保其整改到位并持续符合食品安全标准。这有助于防止违法行为再次发生，保障校园食品安全。
预防措施：监管部门还会通过制定风险管控清单、开展业务培训、加强日常管理监督等措施，提高学校食堂和校外供餐单位的食品安全管理水平，预防食品安全事故的发生。新闻背景中提到的“制定符合学校食品安全特点的风险管控清单”和“通过业务培训让管理人员熟悉制度规范”等均属于预防措施的范畴。
总结来看，新闻背景中市场监管总局通过大规模的监督检查、严厉的行政处罚和有效的预防措施，显著提升了校园食品安全保障水平。作为师生和家长，如果发现校园食品安全问题，可以及时向监管部门举报，共同维护校园食品安全。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。