结论：1000元是否构成“严重失职营私舞弊给甲方造成重大损害”中的“重大损害”，不能一概而论，需结合具体损失类型、行业惯例、公司规定及实际影响等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律对“重大损害”的界定原则
根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重失职、营私舞弊，给用人单位造成重大损害的，用人单位可以解除劳动合同。但法律并未明确“重大损害”的具体金额标准，而是赋予了用人单位一定的自主权，允许其根据自身实际情况制定规章制度进行界定。因此，1000元是否构成重大损害，首先需参考用人单位的规章制度。
二、判断“重大损害”的考量因素
损失类型：
- 若1000元是直接经济损失（如货物损坏、客户赔偿等），且该损失在用人单位的财务承受范围内属于较大比例，或对业务运营造成显著影响（如导致客户流失、声誉受损等），则可能构成重大损害。
- 若1000元是间接损失（如因失职导致的效率下降、管理成本增加等），则需评估其长期影响及是否可通过其他方式弥补。
行业惯例：
- 不同行业对“重大损害”的认定标准可能存在差异。例如，在金融行业，1000元可能因涉及资金安全而显得尤为重要；而在制造业，该金额可能仅构成轻微损失。
公司规定：
- 用人单位应在规章制度中明确“重大损害”的具体标准，包括金额范围、损失类型等。若公司规定1000元及以上构成重大损害，则该金额即成为判断依据。
实际影响：
- 需考虑失职行为对用人单位业务、声誉、客户关系等方面的实际影响。即使金额不大，但若导致严重后果（如客户投诉、媒体曝光等），也可能被认定为重大损害。
三、实务中的操作建议
审查规章制度：
- 用人单位应确保规章制度中关于“重大损害”的界定合法、合理且明确，避免模糊表述导致争议。
收集证据：
- 在解除劳动合同前，用人单位应收集充分证据证明劳动者的失职行为及造成的损害后果，包括但不限于财务记录、客户反馈、监控录像等。
协商与沟通：
- 在采取解除劳动合同等严厉措施前，用人单位可尝试与劳动者进行协商，了解其失职原因及态度，寻求和解或改进方案。
法律程序：
- 若协商无果，用人单位应依法履行解除劳动合同的程序，包括提前通知、支付经济补偿（如适用）等，并确保解除决定合法有效。
四、劳动者应对建议
若劳动者因被指控严重失职营私舞弊并造成重大损害而面临解除劳动合同的风险，建议：
审查规章制度：
- 核实用人单位关于“重大损害”的界定是否合法、合理，并评估自身行为是否确实构成该界定标准。
收集反驳证据：
- 收集证据证明自身行为未构成失职或营私舞弊，或损害后果未达到重大程度。
寻求法律援助：
- 如认为用人单位解除决定不合法或不合理，可寻求法律援助或提起劳动仲裁，维护自身合法权益。
如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。