结论：未成年骑摩托车撞车，双方都有责任的情况下，孩子在学校上学通常不会因此留下案底，但具体是否留有记录需结合事故严重程度、是否涉及刑事责任及学校管理规定综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、事故责任与案底的关系
民事责任与行政责任：
- 未成年骑摩托车撞车，若仅涉及民事赔偿或行政处罚（如罚款、扣分等），这些记录通常不会构成“案底”。案底一般指的是犯罪记录，即因犯罪行为被法院判处刑罚后留下的记录。
- 在此类事故中，即使未成年需要承担民事赔偿责任或受到行政处罚，这些记录也不会影响其在学校的学习，更不会直接导致留有案底。
刑事责任：
- 如果事故严重到构成交通肇事罪或其他刑事犯罪，且未成年被法院判处刑罚，那么就会留下犯罪记录，即案底。
- 但需要注意的是，对于未成年人犯罪，我国法律有特殊的保护措施，如犯罪记录封存制度。根据《刑事诉讼法》的相关规定，犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。这意味着，即使未成年因犯罪留下记录，该记录也会被封存，不会轻易对外公开，对未成年人的未来影响相对较小。
二、学校角度的影响
学校管理规定：
- 学校通常不会因为学生在校外发生交通事故而直接给予纪律处分或留有不良记录，除非该事故严重影响了学校的声誉或秩序，或者学生因此违反了学校的规章制度。
- 在大多数情况下，学校更关注的是学生的学业成绩、品德表现和行为规范，而非其在校外的交通事故责任。
学生心理与成长：
- 即使事故未导致留有案底，未成年也可能因事故而受到心理创伤或影响。学校应提供必要的心理辅导和支持，帮助学生走出阴影，恢复正常的学习和生活。
三、法律建议与后续行动
及时处理事故：
- 无论事故责任如何划分，都应尽快与对方协商解决赔偿事宜，或通过法律途径解决纠纷。这有助于减少不必要的麻烦和损失。
关注未成年人心理：
- 事故发生后，应关注未成年人的心理状态，及时给予关爱和支持。必要时，可寻求专业心理咨询师的帮助。
加强安全教育：
- 家长和学校应加强对未成年人的交通安全教育，提高他们的安全意识和自我保护能力。避免类似事故的再次发生。
总结：未成年骑摩托车撞车且双方都有责任的情况下，孩子在学校上学通常不会因此留下案底。但具体是否留有记录需结合事故严重程度、是否涉及刑事责任及学校管理规定综合判断。无论如何，都应关注未成年人的心理状态和安全教育，确保他们健康成长。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。