关于合同罚款合计上限是否不超过合同总金额的问题，这并非一个固定不变的规则，而是需要依据合同的具体约定、相关法律法规以及违规行为的性质和严重程度来综合判断。

首先，我们要明确的是，合同中的罚款条款，其性质类似于违约金，是双方为了约束彼此行为、保障合同履行而设定的一种经济制裁措施。在设定罚款时，应遵循公平合理、与违约行为相匹配的原则，避免显失公平或构成违约金过高的情形。

从合同约定的角度来看，如果合同中有明确规定了罚款的数额或计算方式，并且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方就应当按照合同来执行。在这种情况下，罚款的上限就是合同中约定的数额，它可能超过、等于或低于合同总金额，这完全取决于双方的约定。

然而，如果合同中没有明确约定罚款的上限，或者约定的罚款数额过高，那么我们就需要参考相关法律法规的规定。根据《民法典》关于违约金的规定，以及建设工程相关法规及规范性文件的原则性要求，罚款的数额应当与违约行为的性质、情节以及造成的损失相适应。在工程类合同中，虽然一些地方的建设工程管理规定或规范性文件可能建议处罚总金额不超过合同总价的5%，但这并非绝对标准，而是需要根据具体情况灵活判断。

此外，合同违约金的一般上限是不超过实际损失的30%。这一规定同样适用于合同中的罚款情况。如果罚款金额明显超过因违约行为给对方造成的实际损失，那么违约方有权请求法院或仲裁机构予以适当调整。

在实际操作中，为了确保罚款的数额既合理又合法，我建议双方在签订合同时就明确约定罚款条款，并确保其符合法律法规的要求。在发生违约行为时，及时收集证据，以便准确评估实际损失和罚款的合理性。如果对罚款数额存在争议，应及时寻求法律途径解决，以维护双方的合法权益。

综上所述，合同罚款合计上限并非固定不超过合同总金额，而是需要综合考虑合同约定、相关法律法规以及违规行为的性质和严重程度来判定。