两人合伙开店扣除成本的计算方式主要取决于合伙协议的约定，若无明确约定，则通常按照出资比例或双方协商一致的方式进行分配。以下是具体分析：
有明确合伙协议的情况：
- 如果双方在合伙协议中已经明确约定了成本扣除和利润分配的方式，那么应当按照协议中的约定来执行。这是最直接且具有法律效力的方式，能够避免后续可能出现的纠纷。
- 例如，协议中可能规定，每月或每季度先扣除所有运营成本（包括租金、员工工资、原材料采购等），然后剩余的利润按照双方出资比例或者约定的其他比例进行分配。
无明确合伙协议或协议未约定的情况：
- 如果双方没有签订明确的合伙协议，或者协议中没有约定成本扣除和利润分配的方式，那么通常需要按照双方的出资比例来分配利润和承担成本。
- 出资比例是指双方在开店时各自投入的资金或资产占总额的比例。例如，如果一方出资60%，另一方出资40%，那么在扣除成本后，剩余的利润也通常按照这个比例进行分配。
- 如果双方出资比例相同，或者无法确定出资比例，那么可能需要通过协商来确定一个合理的分配方式。协商时，可以考虑双方的实际贡献、投入的时间精力、承担的风险等因素。
特殊情况下的处理：
- 如果合伙过程中出现了特殊情况，比如一方额外承担了某些成本或风险，或者一方对店铺的运营做出了更大的贡献，那么双方可以协商调整成本扣除和利润分配的方式。
- 在这种情况下，建议双方签订补充协议，明确新的分配方式，以避免后续纠纷。
建议：为了避免后续可能出现的纠纷，建议双方在合伙开店前就签订详细的合伙协议，明确约定成本扣除、利润分配、决策机制、退出机制等关键条款。如果已经开店但未签订协议，或者协议中存在模糊不清的地方，建议尽快协商补充完善，或者咨询专业律师进行法律指导。
在合伙经营过程中，如果遇到任何法律问题或纠纷，都可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和解决方案。