乘车人在运输合同中受伤，能否由保险公司赔付需分情况讨论，具体取决于保险类型、合同约定及事故责任认定。以下从不同角度展开分析：

1. 若运输公司投保了承运人责任险
   根据《民法典》第823条及《道路运输条例》第36条，承运人对运输过程中旅客伤亡承担无过错赔偿责任（除非伤亡由旅客自身健康原因或故意、重大过失造成）。若运输公司投保了承运人责任险，保险公司需在保险范围内直接向乘车人赔付医疗费、伤残赔偿金等损失。此时保险公司赔付的前提是：事故属于保险责任范围（如交通事故、车辆故障等），且无免责情形（如超载、驾驶员无证驾驶等）。

2. 若乘车人自行投保了意外险或旅行险
   若乘车人个人购买了综合意外险、交通意外险或旅行保险，且保险条款覆盖“乘坐营运车辆期间”的意外伤害，则无论事故责任方是谁，保险公司均需按合同约定赔付（如医疗费、伤残津贴等）。需注意：部分保险可能对“营运车辆”有特定定义（如需持有合法运营资质），或对事故场景有限制（如排除恐怖袭击、战争等）。

3. 若事故由第三方造成（如其他车辆碰撞）
   若事故责任在第三方（如其他驾驶员全责），乘车人可依据《民法典》第1213条，先向第三方车辆投保的交强险和商业三者险索赔；若赔偿不足，再由承运人补充赔偿（若承运人有过错）。此时保险公司赔付的顺序为：第三方车辆保险优先，承运人保险补充，最后是乘车人个人保险。

4. 特殊情形：免责条款的适用
   保险公司可能因以下情形拒赔：

   • 乘车人故意制造事故（如自伤）；
     
   • 事故属于保险合同约定的免责范围（如地震、核辐射等不可抗力）；
     
   • 运输车辆无合法运营资质（如黑车）；
     
   • 乘车人未系安全带等自身过错导致损害扩大。

建议行动：

1. 立即报警并保留事故认定书、医疗记录等证据；
   
2. 确认运输公司是否投保承运人责任险，要求其提供保险信息；
   
3. 检查个人保险合同是否覆盖当前场景；
   
4. 若协商无果，可同时起诉承运人、保险公司及第三方责任方（如有）。
   

如有进一步细节（如保险类型、事故原因等），可向我补充说明，我会为您分析具体赔付路径。