单位扣除4000元误工费是否合法需分情况讨论，具体分析如下：

1. 若单位已依法缴纳工伤保险，且工伤保险基金已支付误工费（即停工留薪期工资）
   根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。若工伤保险基金已支付误工费（通常以“停工留薪期工资”名义），单位再扣除4000元属于重复扣减，不合法。此时您可要求单位补发工资，或向劳动监察部门投诉。

2. 若交通事故赔偿中的误工费与工伤保险待遇存在竞合
   根据《社会保险法》第四十二条及司法实践，若交通事故责任方（如保险公司）已赔偿误工费，工伤保险基金不再重复支付同一期间的停工留薪期工资。但单位无权直接扣除已获赔偿的误工费，除非单位能证明其已实际支付该期间工资（如提供工资发放记录），且赔偿金额未超过实际损失。若单位未支付工资却扣除赔偿款，不合法；若单位已支付工资且赔偿款未覆盖实际损失，扣除部分需以实际损失为限，超出部分仍需返还。

3. 若单位未缴纳工伤保险，且交通事故赔偿未覆盖全部误工损失
   根据《工伤保险条例》第六十二条，单位未缴纳工伤保险的，由单位承担工伤保险待遇支付责任。若交通事故赔偿的误工费低于您实际工资损失（如赔偿按最低标准计算，而您实际工资更高），单位需补足差额。此时单位扣除全部4000元可能不合法，您可要求单位按实际损失补足。

建议行动步骤：

• 核对单位扣除依据：要求单位出具书面说明，明确扣除的法律条款或合同约定；
  
• 整理证据：保留工资条、银行流水、交通事故赔偿协议、工伤认定书等材料；
  
• 协商或投诉：若单位无法合理说明，可先协商解决；协商不成，向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
  

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