结论：超过按合同约定的转正日期提交转正申请，是否会影响薪资发放，这主要取决于劳动合同中的具体约定以及公司的规章制度。以下从不同角度进行分析：
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了转正日期以及转正后的薪资标准，并且也注明了未按时提交转正申请的处理方式（如视为放弃转正、薪资调整等），那么员工超过约定日期提交转正申请，可能会按照合同中的规定处理，从而影响薪资发放。
- 如果劳动合同中并未明确规定未按时提交转正申请的具体后果，那么公司通常不能仅凭此理由单方面调整员工的薪资。
公司规章制度：
- 除了劳动合同外，公司还可能通过规章制度来规定转正流程、薪资调整等事项。如果规章制度中明确规定了超过转正日期提交申请的后果，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可能会依据规章制度来处理，进而影响薪资。
- 如果规章制度中未涉及此类情况，或者规章制度本身存在违法之处（如未经民主程序制定、未公示等），那么公司不能以此为由调整员工薪资。
实际操作中的灵活性：
- 在实际操作中，公司可能会考虑到员工的实际情况（如因故未能及时提交申请、工作表现优秀等），而给予一定的宽限期或特殊处理。这种情况下，即使员工超过了约定的转正日期提交申请，也可能不会影响薪资发放。
- 如果公司坚持严格按照合同和规章制度执行，且员工确实存在过错（如故意拖延提交申请），那么公司可能会依据相关规定调整薪资。
建议：
- 作为员工，应仔细阅读劳动合同和公司的规章制度，了解转正流程、薪资调整等事项的具体规定。
- 如果因故未能按时提交转正申请，应及时与公司沟通并说明情况，争取公司的理解和支持。
- 如果公司因此调整了薪资，且员工认为调整不合理或违法，可以与公司协商解决；协商不成的，可以向劳动争议调解委员会申请调解或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
可能后果：
- 如果公司依据合法有效的劳动合同或规章制度调整了员工薪资，且员工未能提供充分证据证明调整不合理或违法，那么员工可能需要接受薪资调整的结果。
- 如果公司调整薪资的行为违反了法律法规的强制性规定或劳动合同的约定，员工有权要求公司恢复原薪资标准并支付相应的经济补偿。
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