可以否定农民与供电局承包施工方签订的土地补偿协议，但否定需基于合法且充分的理由，并需通过法定程序进行。以下从不同角度进行分析：
一、否定土地补偿协议的合法理由
协议内容违法：
- 若土地补偿协议的内容违反了法律法规的强制性规定，如补偿标准低于法定最低标准、未按照法定程序进行补偿等，则该协议可能因违法而无效。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。
协议签订程序违法：
- 若协议签订过程中存在欺诈、胁迫、恶意串通等情形，或者未遵循法定程序（如未进行公告、未听取农民意见等），则协议可能因程序违法而被否定。
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违背公序良俗或恶意串通损害他人合法权益的民事法律行为无效。
协议主体不适格：
- 若供电局承包施工方并非合法的征收主体，或者农民并非土地的合法使用权人，则协议可能因主体不适格而无效。
- 分析：在土地征收过程中，只有具备法定征收权限的机关或组织才能作为征收主体与农民签订补偿协议。同时，农民也需证明其对被征收土地享有合法的使用权。
二、否定土地补偿协议的程序要求
通过法定程序提出异议：
- 农民若认为土地补偿协议存在上述问题，应首先通过法定程序向相关部门提出异议，如向当地土地管理部门、征收办公室或法院等机构提出申诉或起诉。
- 操作建议：在提出异议时，农民应提供充分的证据证明协议存在违法或不合理之处，如补偿标准过低的证据、协议签订程序违法的证据等。
参与行政复议或行政诉讼：
- 若农民对相关部门的处理结果不满意，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政复议法》和《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，公民、法人或其他组织认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益的，有权申请行政复议或提起行政诉讼。
三、否定土地补偿协议的可能后果
协议被确认无效：
- 若法院或相关部门确认土地补偿协议无效，则该协议自始不具有法律效力，农民有权要求重新签订补偿协议或获得相应的补偿。
- 分析：协议无效后，双方应恢复原状或根据实际情况进行赔偿。对于农民而言，这意味着他们有权要求按照法定标准获得土地补偿。
承担法律责任：
- 若协议因违法而被否定，且供电局承包施工方存在过错（如欺诈、胁迫等），则其可能需承担相应的法律责任，如赔偿农民因此遭受的损失等。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因过错侵害他人民事权益造成损害的，应承担侵权责任。
总结与建议：否定农民与供电局承包施工方签订的土地补偿协议需基于合法且充分的理由，并需通过法定程序进行。农民在认为协议存在问题时，应积极收集证据并通过合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。