若建设工程项目中分包单位与分包单位之间存在关联关系，需根据关联关系的性质、合同约定及法律规定综合处理，核心原则是避免违法分包、确保工程质量及合同合法性。具体处理方式如下：

1. 审查关联关系是否违反法律强制性规定

根据《建筑法》第二十八条及《招标投标法》第四十八条，禁止承包单位将工程分包给不具备相应资质条件的单位，或以分包名义将工程转包。若关联分包单位存在以下情形，可能构成违法分包或转包：

• 资质不达标：关联单位未取得与分包工程匹配的资质证书；
• 主体结构分包：将主体结构施工分包给关联单位（除非总包合同明确允许且符合资质要求）；
• 再分包：关联单位将分包工程再分包给其他单位。 处理建议：立即终止违法分包行为，重新选择合法分包单位，并向建设行政主管部门报告违规情况。

2. 核查合同约定是否允许关联分包

若总包合同或分包合同中明确禁止或限制关联分包（如约定“分包单位不得与总包单位存在控股、管理关系”），则关联分包行为构成违约。 处理建议：

• 依据合同条款主张违约责任（如解除合同、要求赔偿损失）；
• 若合同未明确禁止，需进一步审查关联分包是否影响工程质量和进度，并留存书面沟通记录。

3. 评估关联分包对工程质量与安全的影响

即使关联分包合法，若因关联关系导致管理混乱、责任推诿或质量隐患，仍需采取措施：

• 强化管理：要求总包单位对关联分包单位统一管理，明确质量、安全责任人；
• 第三方监督：引入监理单位或第三方检测机构对关联分包工程进行专项检查；
• 书面承诺：要求关联分包单位出具书面承诺，独立承担质量、安全责任。

4. 税务与财务合规性审查

关联分包可能涉及税务风险（如转移利润、虚开发票），需确保：

• 关联交易价格公允，符合独立交易原则；
• 分包单位独立核算，依法开具发票；
• 避免通过关联分包逃避税收监管。 处理建议：委托税务师事务所进行税务合规审查，留存完整财务凭证。

5. 争议解决路径

若因关联分包产生纠纷，可依据合同约定选择仲裁或诉讼，并重点举证：

• 关联关系是否影响合同履行；
• 对方是否存在过错（如资质造假、管理失职）；
• 损失计算依据（如工期延误赔偿、返工费用）。

总结：关联分包的处理需以合法性为前提，兼顾合同约定与工程实际。建议总包单位在分包前对关联单位进行尽职调查，并在合同中明确禁止性条款及违约责任。若已发生关联分包，应立即评估风险并采取补救措施。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案例处理方案。