当企业进入破产程序后，对于正在履行中的合同，破产管理人的选择及后续保障措施是一个涉及多方利益和法律规定的复杂问题。以下是对您问题的详细解答：
一、破产管理人选择继续履行合同的条件与意义
破产管理人在决定是否继续履行合同时，会综合考量合同继续履行对债务人财产的影响。若合同的继续履行能够增加债务人财产的价值，或维持企业运营以获取更大收益（如带来稳定现金流或必要物资供应），管理人通常会选择继续履行。这一决策有助于保持业务的连贯性，避免不必要的损失，并维护交易秩序和合同相对方的利益。
二、继续履行合同后的保障措施
共益债务的优先受偿：
- 当管理人决定继续履行合同时，由此产生的债务被视为共益债务。共益债务在破产程序中享有优先受偿的地位，这意味着它们会优先于普通破产债权得到清偿。这一安排确保了合同相对方在合同继续履行后的权益能够得到及时保障。
对方当事人的担保要求权：
- 对方当事人有权要求管理人提供担保，以确保合同履行后的对价支付。这是降低风险、保障自身权益的重要手段。若管理人不提供担保，则根据法律规定，视为解除合同。因此，管理人在决定继续履行合同时，应充分考虑并提供必要的担保措施。
法律程序的严格遵守：
- 管理人在行使继续履行合同的选择权时，必须严格遵守《企业破产法》及相关法律法规的规定。这包括及时通知对方当事人、按照合同约定履行义务、以及在必要时提供担保等。所有决策和处理方式都需确保合法合规，以维护破产程序的顺利进行和各方权益的平衡。
三、管理人决策时的综合考量
- 破产企业权益的保护：管理人在决策时需充分考虑破产企业的整体利益，确保决策不会损害企业的长远发展和债权人的共同利益。
- 破产财产利益的最大化：管理人应努力通过继续履行合同等方式，最大化破产财产的价值，为债权人提供更多的清偿可能。
- 合同相对方合法权益的尊重：管理人在行使选择权时，也应尊重合同相对方的合法权益，确保其在合同履行过程中的权益得到充分保障。
四、特殊情况下的合同处理
- 合同转让：在特定情况下，如合同性质允许且存在合适的受让方，管理人可考虑将合同转让给其他主体继续履行。这有助于最大化合同价值，减少相关方损失。但这一决策需基于合同性质和具体情况作出，并确保转让过程的合法合规。
综上所述，破产管理人选择继续履行合同后，通过共益债务的优先受偿、对方当事人的担保要求权以及法律程序的严格遵守等措施，可以确保合同相对方的权益得到充分保障。同时，管理人在决策时需综合考虑多方面因素，确保决策的合法合规性和合理性。