在合同履行了一半，一方违约的情况下，进仓的合格货物是退还还是付钱，这主要取决于合同的具体约定以及违约方的违约情形和双方协商的结果。以下从不同角度进行分析：
一、合同有明确约定的情况
合同约定继续履行并支付货款：
- 如果合同中明确约定，在一方违约时，另一方有权要求继续履行合同，并且违约方需支付已进仓合格货物的货款，那么违约方应当按照合同约定支付货款。
合同约定退还货物并赔偿损失：
- 若合同中规定，在一方违约时，另一方有权要求退还已进仓的合格货物，并由违约方赔偿因此造成的损失，那么货物应当退还，同时违约方需承担赔偿责任。
二、合同无明确约定或约定不明的情况
双方协商处理：
- 在合同没有明确约定或约定不明的情况下，双方应当首先尝试通过协商来解决问题。协商的内容可以包括货物的处理方式（退还或支付货款）、违约责任的承担等。
依据法律规定处理：
- 如果协商不成，可以依据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定来处理。根据民法典的规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
- 继续履行：如果非违约方认为继续履行合同对其更有利，可以要求违约方继续履行合同，包括支付已进仓合格货物的货款。
- 采取补救措施：如果货物存在质量问题或者不符合合同约定，非违约方可以要求违约方采取补救措施，如更换货物、修理货物等。
- 赔偿损失：如果违约方的违约行为给非违约方造成了损失，非违约方有权要求违约方赔偿损失，包括直接损失和间接损失。在货物已进仓的情况下，如果货物无法退还或者退还后无法再销售，非违约方可以要求违约方支付货物的价值作为赔偿。
三、特殊情况下的处理
违约方明确表示不履行合同：
- 如果违约方明确表示不履行合同，或者以自己的行为表明不履行合同，非违约方有权解除合同，并要求违约方承担违约责任。在这种情况下，已进仓的合格货物可以根据双方协商或者法律规定进行处理，如退还货物并要求违约方赔偿损失。
货物性质特殊无法退还：
- 如果已进仓的合格货物属于特殊性质，如易腐、易变质或者无法再销售的货物，那么退还货物可能不再是一个合理的选择。在这种情况下，非违约方可以要求违约方支付货物的价值作为赔偿，或者采取其他合理的补救措施。
建议：在处理此类纠纷时，建议双方首先回顾合同条款，明确各自的权利和义务。如果合同中有明确约定，应当按照合同约定处理；如果合同没有约定或者约定不明，双方应当尝试通过协商来解决问题。如果协商不成，可以寻求法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或者申请仲裁。在任何情况下，都建议双方保留好相关证据，如合同、进仓单、付款凭证等，以便在纠纷处理过程中维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。