结论前置：甲方代替乙方签名合同是否违法，主要取决于是否有乙方的明确授权或事后追认。有授权则合法，无授权且损害他人利益或用于非法目的则可能违法甚至构成犯罪。以下从不同情况为您详细分析：
一、有授权的情况
合法性依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百六十一条和第一百六十二条，民事主体可以通过代理人实施民事法律行为。代理人在代理权限内，以被代理人名义实施的民事法律行为，对被代理人发生效力。这意味着，如果乙方明确授权甲方代为签名，那么甲方的代签行为是合法的。
授权形式：
- 代签行为需基于乙方的明确委托授权，通常表现为授权委托书。授权委托书中应写明委托事项、权限范围及有效期等，以确保代理行为的明确性和有效性。
法律效力：
- 在授权范围内代替乙方签字，该签名行为具有法律效力，对乙方产生法律约束力。这意味着，合同中的权利和义务将由乙方承担。
二、无授权的情况
无效性：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百七十一条，行为人没有代理权而实施代理行为，且未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力。因此，如果甲方未经乙方授权而代为签名，且乙方事后未予追认，那么该签名行为对乙方不产生法律效力。
民事责任：
- 若无权代理行为损害了乙方的利益，如导致财产损失或权益受损，且行为人实施的行为未被追认的，善意相对人有权请求行为人履行债务或者就其受到的损害请求行为人赔偿。但是，赔偿的范围不得超过乙方追认时相对人所能获得的利益。若相对人知道或者应当知道行为人无权代理的，相对人和行为人按照各自的过错承担责任。
刑事责任：
- 当代替签名被用于非法目的，如诈骗等犯罪行为时，可能构成刑事犯罪。具体罪名包括但不限于诈骗罪、伪造国家机关公文、证件、印章罪以及伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪等。因此，甲方在代替乙方签名时，必须确保行为的合法性，避免卷入刑事犯罪。
三、注意事项与建议
授权委托书：
- 在代替他人签字前，务必确保已获得被代理人的明确授权，并保留好授权委托书作为法律依据。这是避免法律纠纷的重要步骤。
谨慎行事：
- 即使关系亲密或出于好意，也不应随意代替他人签字。因为一旦出现问题，可能涉及复杂的法律责任和纠纷。
法律咨询：
- 对于复杂的法律事务或存在疑问的情况，建议及时向我咨询，以确保行为的合法性和有效性。作为专业律师，我将为您提供专业的法律意见和帮助。
综上所述，甲方代替乙方签名合同并非简单的法律行为，其合法性与否取决于是否有明确的授权或事后追认。在实际操作中，应严格遵守法律法规，确保行为的合法性和有效性，以避免可能的法律风险。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。