善意取得虚开发票的定性，并非由单一主体直接“定性”，而是基于一系列法律事实和证据，由税务机关或司法机关在调查核实后依法作出认定。以下是对此问题的详细分析：
一、善意取得虚开发票的法律概念
首先，需要明确的是，法律上并不存在“善意虚开发票”的法定概念。虚开发票，无论动机如何，均被视为违法行为，包括为他人、为自己或介绍他人开具与实际业务不符的发票。然而，对于“善意取得虚开的增值税专用发票”，法律有特定的规定和处理方式。善意取得虚开的增值税专用发票，指的是购货方与销售方存在真实交易，且购货方在不知情的情况下取得了以非法手段获得的增值税专用发票。
二、善意取得虚开发票的判定条件
根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号），要认定为善意取得虚开的增值税专用发票，需同时满足以下条件：
- 购货方与销售方之间存在真实的交易关系；
- 销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票；
- 专用发票上的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容必须与实际相符；
- 没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的。
三、善意取得虚开发票的定性主体及流程
定性主体：
- 税务机关：在税务稽查或日常管理中，税务机关发现企业可能存在善意取得虚开发票的情况时，会依法进行调查核实。税务机关会根据上述判定条件，结合企业提供的交易合同、付款凭证、货物运输单据等证据，对是否构成善意取得进行认定。
- 司法机关：在涉及刑事案件时，如虚开发票罪等，司法机关（如公安机关、检察院、法院）也会依法对善意取得虚开发票的情况进行调查和认定。司法机关的认定通常更加严格，需要形成完整的证据链。
定性流程：
- 调查核实：税务机关或司法机关会依法对涉嫌善意取得虚开发票的企业进行调查核实，包括查阅相关账簿、凭证、合同等资料，询问相关人员等。
- 证据收集：在调查过程中，税务机关或司法机关会收集能够证明企业是否构成善意取得虚开发票的证据，如交易合同、付款凭证、货物运输单据、销售方的情况说明等。
- 认定决定：根据调查核实的结果和收集到的证据，税务机关或司法机关会依法作出是否构成善意取得虚开发票的认定决定。
四、法律后果及建议
法律后果：
- 如果企业被认定为善意取得虚开发票，虽然不构成偷税或骗取出口退税的违法行为，但不得抵扣进项税款或出口退税；已抵扣的进项税款或取得的出口退税应依法追缴。
- 如果企业能够重新从销售方取得合法、有效的防伪税控系统开出的专用发票，或取得手工开出的合法、有效专用发票并附有销售方所在地税务机关对销售方虚开行为的查处证明，则购货方所在地税务机关应准予抵扣进项税款或出口退税。
法律建议：
- 企业应严格遵守相关法律法规和税收管理规定，确保发票的真实性和合法性。在接收发票时，应仔细核对发票上的各项信息是否与实际交易相符。
- 如果企业发现取得的发票可能存在问题，应及时向税务机关报告并配合调查处理，以避免不必要的法律风险和经济损失。
综上所述，善意取得虚开发票的定性并非由单一主体直接“定性”，而是基于一系列法律事实和证据，由税务机关或司法机关在调查核实后依法作出认定。企业在日常经营中应严格遵守相关法律法规和税收管理规定，确保发票的真实性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。