关于人防车位长租及收取管理费的合法性，可以明确以下几点结论：
人防车位长租的合法性：
- 租赁期限限制：根据《中华人民共和国民法典》第七百零五条的规定，租赁期限不得超过二十年。超过二十年的，超过部分无效。这一规定同样适用于人防车位的租赁。因此，人防车位的长租协议，如果租赁期限超过二十年，则超出部分将不受法律保护。
- 合法租赁条件：在不超过二十年的租赁期限内，人防车位是可以依法依规进行租赁的。但必须经过人防管理部门的审批，并在合同中明确使用性质、维护责任等相关事项。
人防车位收取管理费的合法性：
- 法律依据与合理性：虽然全国层面没有统一的法律法规明确规定人防车位必须收取管理费，但各地可能根据实际情况出台了相关的地方性法规、规章或政策文件，对人防车位的管理费收取进行规范。当物业服务企业对包括人防车位在内的区域提供了如停车秩序维护、场地清洁、设施设备维护等具体服务时，按照相关规定收取费用是合法的。
- 成本支出与服务匹配：人防车位的日常保洁、照明、通风等设施的维护和检修，以及必要的卫生保持工作，都需要投入人力、物力和财力。同时，为确保停车场的安全和秩序，物业服务企业需要安排人员进行车辆进出引导、停放规范管理等。这些成本支出和服务提供是收取管理费的重要基础。如果物业服务企业未能按照约定提供停车管理服务，如停车场卫生状况差、秩序混乱、设施设备损坏未及时维修等，业主有权要求其改进服务，甚至在严重情况下可以拒绝支付不合理的管理费。
针对您可能关心的几个具体问题，进一步说明如下：
如果已经签订了长期租赁协议怎么办：
- 如果已经签订了超过二十年租赁期限的人防车位租赁协议，建议双方尽快协商调整租赁期限，以确保协议的合法性和有效性。否则，超出二十年的部分将不受法律保护。
管理费标准如何确定：
- 具体的管理费用标准并不是统一的，而是会根据不同地区、不同物业公司的收费标准以及车位的实际情况等因素而有所差异。因此，在质疑管理费合理性时，建议咨询当地的物业公司或相关部门，以了解具体的收费情况和标准。
如果对管理费收取有疑问或认为不合理怎么办：
- 如果业主对于人防车位管理费的收取存在疑问或认为收费不合理，可以通过与物业服务企业进行协商、向业主委员会反映情况、向相关部门投诉或寻求法律援助等途径解决。
总结来说，人防车位的长租协议在不超过二十年的租赁期限内是合法的，但需经过人防管理部门的审批并明确相关事项；同时，人防车位收取管理费也是合理的，但需基于法律法规、合同约定以及实际提供的服务。如果您在人防车位租赁或管理费收取方面遇到任何问题，欢迎直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和帮助。