开发商将分多期拿地、开发十多年后打通成一个小区的行为是否合法，需分情况讨论，核心在于是否符合规划审批、土地出让合同约定及法律法规要求。具体分析如下：
1. 若开发商行为符合规划审批及土地出让合同约定，则合法
- 规划审批是关键：开发商拿地时，每期土地的规划条件（如容积率、建筑密度、绿地率等）可能不同，但若后续申请调整规划（如将多期合并为一个小区），需经自然资源部门审批。若审批通过，且调整后的规划符合城市总体规划要求，则行为合法。
- 土地出让合同约定：若土地出让合同中明确允许开发商在开发过程中根据实际需求调整规划（如合并多期土地），或未禁止此类行为，则开发商的操作不违反合同约定。
- 法律依据：根据《城乡规划法》第43条，建设单位需按规划条件建设，确需变更的，应向城乡规划主管部门申请变更。若变更获批，则合法。
2. 若开发商行为违反规划审批或土地出让合同约定，则可能违法
- 未获批擅自调整规划：若开发商未申请或未获批调整规划，擅自将多期土地合并开发，可能违反《城乡规划法》第64条，面临责令改正、罚款甚至拆除的处罚。
- 违反土地出让合同：若土地出让合同明确禁止合并开发或设定了其他限制条件（如分期开发时限），开发商擅自打通可能构成违约，需承担违约责任（如支付违约金、赔偿损失等）。
- 土地用途变更问题：若合并后土地用途发生实质性变化（如从住宅用地变为商业用地），需重新办理土地用途变更手续，否则可能涉嫌非法转让土地使用权（《土地管理法》第82条）。
3. 其他需关注的法律风险
- 业主权益保护：若合并开发影响已购房业主的权益（如绿化率降低、公共设施减少），业主可依据《民法典》第286条要求开发商承担责任，或通过业主委员会维权。
- 行政审批时效性：部分地区对土地开发有“闲置土地”认定标准（如超过约定动工开发日期满2年未开发），若开发商因合并开发导致土地闲置，可能面临土地收回或罚款（《土地管理法》第38条）。
建议
若您是业主或相关方，可要求开发商出示：
- 规划部门出具的规划变更审批文件；
- 土地出让合同及补充协议；
- 合并开发后的新规划图纸及公示材料。
若发现违规行为，可向当地自然资源部门举报或通过法律途径维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。