结论：贷款3万还46900元是否合法，需结合贷款期限、利率类型（固定利率或浮动利率）、还款方式以及是否存在其他费用等因素综合判断。若年利率超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍，则超出部分不受法律保护。
一、利率合法性判断
法定利率上限：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷利率的司法保护上限为合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。以2024年7月为例，一年期LPR为3.45%，四倍即13.8%。若贷款合同签订时LPR不同，需以合同成立时的LPR为准。
- 计算公式：
$\( \text{合法利息上限} = \text{贷款本金} \times \text{合同成立时一年期LPR} \times 4 \times \text{贷款期限（年）} \)\(
例如，贷款3万元、期限1年，合法利息上限为：
\)\( 30,000 \times 13.8\% \times 1 = 4,140 \text{元} \)$
若总还款额46,900元中利息为16,900元（46,900-30,000），则年利率达56.33%（16,900÷30,000），远超13.8%的司法保护上限。
利率类型与还款方式：
- 若为固定利率，需直接对比实际利率与LPR四倍；若为浮动利率，需关注合同约定的利率调整机制是否合法。
- 还款方式（如等额本息、先息后本）会影响实际利息计算，但不影响利率合法性的判断标准。
二、其他费用合法性判断
服务费、手续费等：
- 若贷款中包含服务费、手续费等额外费用，需将这些费用计入总成本，重新计算实际年利率。例如，贷款3万元，实际到手2.7万元（扣除3,000元手续费），但需按3万元本金计算利息，则实际利率会显著高于名义利率。
- 计算公式：
$\( \text{实际年利率} = \frac{\text{总利息+其他费用}}{\text{贷款本金}} \div \text{贷款期限（年）} \times 100\% \)$
违约金与罚息：
- 合同约定的违约金或罚息需合理，不得变相突破利率上限。例如，逾期罚息年化超过24%，可能被认定为不合理。
三、法律后果与建议
超出部分无效：
- 若实际利率超过LPR四倍，超出部分的利息约定无效，借款人可拒绝支付，已支付的可要求返还或折抵本金。
维权途径：
- 若遭遇高利贷或违规收费，可向当地银保监会、地方金融监管局投诉，或通过诉讼主张权利。
建议行动：
- 核查合同：仔细审查贷款合同中的利率、费用条款，确认是否明确约定且符合法律规定。
- 计算实际成本：按上述公式计算实际年利率，判断是否超限。
- 协商或投诉：若发现违规，可先与贷款方协商调整；协商无果的，及时投诉或起诉。
示例：
假设贷款3万元、期限1年，合同约定年利率15%（未超LPR四倍），但额外收取3,000元服务费，则实际成本为：
$\( \text{实际年利率} = \frac{(30,000 \times 15\%) + 3,000}{30,000} = 25\% \)$
25%的年利率超过13.8%的司法保护上限，超出部分不受法律保护。
总结：贷款3万还46,900元是否合法，需通过计算实际年利率并对比LPR四倍判断。若您有具体合同或费用明细，可进一步向我提供，我将协助您精准核算并制定应对方案。