在民事诉讼中，若发现存在利益输送和犯罪事实，法院会按照以下方式处理：
中止民事诉讼，移送刑事案件
根据《民事诉讼法》第153条，若民事案件审理中发现涉嫌犯罪（如虚假诉讼、贪污贿赂、侵占财产等），法院会裁定中止民事诉讼，并将犯罪线索移送公安机关或检察机关立案侦查。例如，当事人通过伪造证据、虚构债务等方式进行利益输送，可能构成虚假诉讼罪，此时民事案件需等待刑事程序终结后再恢复审理。
刑事优先原则下的处理
若刑事案件的审理结果直接影响民事案件的实体认定（如犯罪行为导致合同无效、财产归属争议等），法院会依据“先刑后民”原则，以刑事判决认定的犯罪事实作为民事案件的裁判依据。例如，在涉及诈骗的民事纠纷中，若刑事判决认定被告构成诈骗罪，民事案件可直接依据该判决认定合同无效，并判决返还财产或赔偿损失。
民事案件与刑事案件的独立处理
若民事纠纷与犯罪事实无直接关联（如民事合同纠纷中一方存在行贿行为，但合同本身合法有效），法院会继续审理民事案件，同时将犯罪线索移送侦查机关。此时，民事案件的审理不受刑事程序影响，但若刑事判决认定犯罪行为导致民事权益受损（如行贿方通过不正当手段获取合同利益），受害方可在民事诉讼中主张撤销合同或要求赔偿。
利益输送的民事法律后果
即使未构成犯罪，利益输送行为若违反《民法典》第154条（恶意串通损害他人权益）或第146条（虚假意思表示），相关民事法律行为可能被认定无效。例如，当事人通过关联交易低价转让财产损害债权人利益，债权人可请求法院撤销该行为并追回财产。
总结：法院在民事诉讼中发现利益输送或犯罪事实时，会优先移送刑事侦查，并根据刑事程序结果决定民事案件的审理方式。若行为不构成犯罪，法院会依据民事法律规范审查行为效力。建议当事人及时固定证据，并向法院说明利益输送的具体情形，以便法院全面审查。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件处理方案。