将虚开发票的损失补上并不能直接免于起诉。虚开发票的行为已经触犯了我国刑法，是否起诉需由检察机关根据具体案情综合判断，补缴税款和罚款仅是事后补救措施，不能直接阻却刑事追责。以下从法律定性、补救措施效力、刑事追责逻辑三个层面展开分析：

一、虚开发票行为的法律定性：刑事犯罪属性决定“补损≠免诉”

根据《刑法》第二百零五条，虚开发票（包括为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开）行为，根据情节轻重可能构成虚开增值税专用发票罪或虚开发票罪。前者最高可处无期徒刑，后者最高可处七年有期徒刑。刑事犯罪的构成要件是“行为+结果/危险”，即只要实施了虚开行为且达到法定标准（如虚开税款数额、虚开发票份数等），即构成犯罪既遂，是否补缴税款或弥补损失不影响犯罪成立，仅可能作为量刑情节考虑。

二、补缴税款和罚款的效力：行政责任与刑事责任的独立性与关联性

1. 行政责任层面：根据《税收征收管理法》第六十三条，虚开发票需承担补缴税款、滞纳金及罚款（0.5倍至5倍税款）的行政责任。补缴税款和罚款是履行行政义务的表现，可避免行政处罚的进一步升级（如加收滞纳金、强制执行等），但不直接消灭刑事责任。
   
2. 刑事责任层面：刑事追责的启动取决于行为是否符合犯罪构成要件，而非是否弥补损失。但根据《刑法》及相关司法解释，若行为人主动补缴税款、认罪认罚、积极退赃，可能被认定为“认罪态度好”“社会危害性降低”，从而在量刑时获得从轻、减轻处罚（如缓刑、缩短刑期等），但无法直接免于起诉。

三、免于起诉的法定情形：补损需结合其他条件才可能实现

根据《刑事诉讼法》第十六条、第一百七十七条，免于起诉（即检察机关作出不起诉决定）需满足以下情形之一，且补缴税款可能作为辅助条件：

1. 情节显著轻微：如虚开发票金额较小、未造成税款流失（如虚开普通发票未用于抵扣税款），且主动补缴税款、认罪悔罪，可能被认定为“情节显著轻微危害不大”，检察机关可酌情不起诉；
   
2. 法定从宽情节：如行为人系从犯、自首、立功，或属于未成年人、盲聋哑人等特殊主体，补缴税款可强化“从宽处理”的合理性；
   
3. 刑事和解：若虚开发票行为未严重损害国家税收利益（如虚开普通发票用于报销但未骗取税款），且行为人与受害方（如被虚开方）达成和解，检察机关可能基于“化解社会矛盾”考虑不起诉。
   

总结建议：若已涉及虚开发票行为，仅补缴税款和罚款不足以免于起诉，但可主动向税务机关补缴税款、配合调查，同时向检察机关提交认罪认罚材料、退赃证明等，争取从宽处理。具体案件需结合虚开类型（专票/普票）、金额、主观故意、是否造成税款流失等因素综合判断，建议尽快委托律师介入，通过分析证据链、论证主观恶性、提出量刑建议等方式维护权益。